紧接上文：Materials Studio官方教程：CCDC模块——Materials Studio和CSD联用【1】

3、预测多晶型并识别已知的实验结构

接下来，设置Polymorph模块多晶型预测的计算参数。

在Project explorer中，打开OHD-mol VAMP GeomOpt/OHD-mol.xsd。从菜单栏中选择Modules | Polymorph | Calculation，打开Polymorph Calculation对话框。在Setup选项卡，上单击Assign按钮，使OHD分子成为运动单元。

确认Task设置为Prediction，然后单击More...按钮，打开Polymorph Prediction对话框。勾选两个Clustering复选框并关闭对话框。

这包括在几何优化阶段前后，预测序列中的预聚类步骤。在几何优化之前聚类，则会减少后续最小化计算次数，从而减少计算所需的时间。

在Polymorph Calculation对话框的Energy选项卡上，将Forcefield更改为COMPASSIII。在Space Groups选项卡上，删除P21/C之外的所有空间群。单击Run按钮并关闭对话框。

当计算运行时，可以根据之前绘制的OHD-mol结构在CSD中查询。首先，关闭所有窗口。

从菜单栏选择File | Save Project，然后选择Window | Close All。

打开之前创建的OHD-mol.xsd文档。

在Project Explorer中，双击项目根目录中的OHD-mol.xsd文档。

选择Build | Bonds，并选择将结构转换为凯库勒表示Convert representation to Kekule。单击Calculate按钮，关闭对话框。

从菜单栏中选择Modules | CCDC | ConQuest Search，打开ConQuest Search对话框。

在Setup选项卡上，将Task更改为Substructure search，然后单击Search按钮，并关闭对话框。

结果将返回到名为OHD-mol.std的数据表中。该搜索操作检索出两个结构，其一空间群为Pbca，另一个空间群为P 21/c。现在从数据表中提取空间群为P 21/c的结构，并使用与多晶型预测序列相同的力场优化该结构。这有助于解释实验和预测的晶格和结构参数之间的微小差异。

在OHD-mol.std数据表中，双击Structures列中P 21/c空间群对应行中的条目。

将在详细视图Detail View中打开结构的3D视图。为保存结构，需将其复制到一个新的3D原子结构文档中。

确保OHD-mol Detail View是活动文档，按CTRL+C键。在Project Explorer中，右键单击项目根目录，并选择New | 3D Atomistic document，然后按下CTRL+V键。从菜单栏中选择File | Save As...，打开Save As对话框。键入OHD P21c作为文件名，然后单击Save按钮。

现在使用Forcite模块优化该结构。

从菜单栏中选择Modules | Forcite | Calculation，打开Forcite Calculation对话框。在Setup选项卡上，将Task更改为Geometry Optimization，然后单击More...按钮打开Forcite Geometry Optimization对话框。勾选Optimize cell复选框，并关闭对话框。

在Energy选项卡上，将Forcefield更改为COMPASSIII。确保求和方法Summation method部分中的静电Electrostatic和范德华van der Waals都设置为Ewald。单击Run按钮并关闭对话框。

当Polymorph多晶型计算结束后，使用Polymorph分析工具，将运行结果收集到数据表中。

在Project Explorer中，导航至OHD-mol VAMP GeomOpt/OHD-mol PMP Predict。从菜单栏中选择Modules | Polymorph | Analysis。在Insert Polymorph Results File对话框中选择OHD-mol P21-C.xtd，单击Open按钮。

此时建立了名为Polymorph Analysis.std的数据表文件，包含多晶型。

选择包含结构的A列，单击QSAR Models工具栏上的Models按钮。从Models对话框中选择Crystal Similarity Measure，然后双击此模型，打开Model Editor - Crystal Similarity Measure对话框。

在Inputs选项卡上，单击Reference crystal行中Value对应的单元格，从下拉列表中选择OHD P21c Forcite GeomOpt/OHD P21c.xsd。单击Save按钮，关闭对话框。

在Models对话框中，确保Crystal similarity仍处于选中状态，单击Run按钮并关闭对话框。

计算完成后，数据表中将增加一个标签为Crystal Similarity Measure的新列。在多晶型预测序列得出的最低能量结构0.2-0.3 kcal/mol的范围内，可以找到相似度约为0.1的等效结构。

提示：如果在0.3 kcal/mol范围内没有相似度为0.1的最低能量结构，应重新运行多晶型预测步骤。多晶型预测是一个随机过程，因此可能需要多次运行预测序列，以确保识别所有可能的晶体结构。

根据晶体相似性度量对结果进行排序，以确认没有其他结构与实验结构更接近。

在数据表中，选择标签为Crystal Similarity Measure的列。单击Study Table Viewer工具栏上的升序排序Sort Ascending按钮。

能量第二低的结构的晶体相似性得分最低。通过使用Reflex模块生成模拟粉末X射线衍射图谱，或目测填充构型和单位晶胞体积，可以确认预测结构与实验结构相同。

从菜单栏中选择File | Save Project，然后选择Window | Close All。

本教程到此结束。

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