没在win10用过vina，这次安装一个玩

官网下载MGL tools，处理蛋白和小分子的一个免费工具

http://mgltools.scripps.edu/downloads

下载win版本，不过只有32位的

安装

安装的过程中下载vina 

http://vina.scripps.edu/

也是只有32位的

vina直接安装就可以了

MGL tools会同时安装PMV 和CADD

下面软件都准备好了

先用MGL 生成vina需要的pdbqt文件

MGL tools的作用就是生成pdbqt文件

首先打开受体蛋白的pdb

file-read molecule

删除水分子和其他配体，常规操作不用解释

然后计算电荷和添加原子类型

Edit--Charges--Compute Gasteiger

Edit--Atoms--Assign AD4 type

就可以导出成pbdqt格式的文件了

然后右键吧蛋白删除掉，导入配体小分子，随便从ZINC下了一个

Ligand-input-open

同样的处理方式，加极性氢，计算电荷和添加原子类型

Edit--Charges--Compute Gasteiger

Edit--Atoms--Assign AD4 type

配体因为是半柔性，还需要指定root和可旋转键

Ligand--Torsion Tree--Detect Root

Ligand--Torsion Tree--Choose Torsions

保存

Ligand--Output--Save as PDBQT

和受体放在同一个文件夹

现在开始处理vina，vina需要两个可执行程序，vina_split.exe和vina.exe

刚才我们安装过了vina，所以把这两个程序的目录加入环境变量，或者直接把这两个文件复制到对接的工作目录。

那么现在就有了配体和受体的pdbqt文件，还需要指定对接参数，包括以下

Input:

  --receptor arg        rigid part of the receptor (PDBQT)

  --flex arg            flexible side chains, if any (PDBQT)

  --ligand arg          ligand (PDBQT)

Search space (required):

  --center_x arg        X coordinate of the center

  --center_y arg        Y coordinate of the center

  --center_z arg        Z coordinate of the center

  --size_x arg          size in the X dimension (Angstroms)

  --size_y arg          size in the Y dimension (Angstroms)

  --size_z arg          size in the Z dimension (Angstroms)

Output (optional):

  --out arg             output models (PDBQT), the default is chosen based on

                        the ligand file name

  --log arg             optionally, write log file

Misc (optional):

  --cpu arg                 the number of CPUs to use (the default is to try to

                            detect the number of CPUs or, failing that, use 1)

  --seed arg                explicit random seed

  --exhaustiveness arg (=8) exhaustiveness of the global search (roughly

                            proportional to time): 1+

  --num_modes arg (=9)      maximum number of binding modes to generate

  --energy_range arg (=3)   maximum energy difference between the best binding

                            mode and the worst one displayed (kcal/mol)

Configuration file (optional):

  --config arg          the above options can be put here

Information (optional):

  --help                display usage summary

  --help_advanced       display usage summary with advanced options

  --version             display program version

修改之后写如conf文件中，其中energy_range是和最佳模型的能量值相差的最大值，单位kcal/mol，一般-7kcal/mol才有意义，所以可以设置为2-4，其他的就不需要动了

打开终端到工作目录，开始计算

结果直接用pymol打开就可以了