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QIIME 2 2020.8 版本现已发布!感谢所有参与的辛勤工作!
提醒一下,我们计划发布的 QIIME 2 计划于 2020 年 11月发布 (QIIME 2 2020.11),但请继续关注更新。
查看QIIME 2 2020.8 文档 [1]有关安装最新 QIIME 2 版本的详细信息,以及教程和其他资源。如果您遇到任何问题,请与QIIME 2论坛联系!
虚拟机镜像将在未来一周的某个时候更新(已更新https://docs.qiime2.org/2020.8/install/virtual/)!
beta-phylogenetic
参数 threads
被 n_jobs
取代,来反映 unifrac
的并行化。
alpha
observed_otus
被重命名为 observed_features
. “Observed features” 更好地描述了QIIME 2使用非分类特征的不同方式。(一个OTU 是一个 feature, 但是一个 feature 不必要是一个 OTU.) alpha-rarefaction 也是这个更新。
Method
转换成了 Pipeline
来适应q2_diversity_lib
的调遣。API用户可能需要升级它们的导入路径。q2cli`(命令行)用户不受影响 。alpha-phylogenetic、beta、beta-phylogenetic
Method
转换成了 Pipeline
来适应q2_diversity_lib
的调遣。API用户可能需要升级它们的导入路径。q2cli`(命令行)用户不受影响 。(这条和下面一条重复呢。。。合并一下啦)alpha-phylogenetic-old
Method
移除了。需要通过qiime2获得scikit-bio
的faith_pd
实现的用户可以使用q2_diversity_lib.alpha_phylogenetic_passthrough
1.alpha-phylogenetic-alt
这个方法 移除了,因为alpha-phylogenetic
有这个实现。
q2-quality-filter 1
q-score-joined
这个过时的 Method
移除了。q-score
方法可以处理合并的reads(joined reads),所以没必要有两个方法。
请适当地更新你的脚本、流程等。卡壳了?请在QIIME 2论坛寻求帮助!希望在下次qiime2发布之前提前测试一下?请查看下面的开发环境说明:
https://dev.qiime2.org/latest/quickstart/ 3
List
和集合Set
参数的Action
上使用TypeMatch
。q-score-joined
方法改成了q-score
.请看上面的重大更新.AlignedDNAFASTAFormat
格式验证.CasavaOneEightSingleLanePerSampleDirFmt
格式的MANIFEST
文件时的额外检查,来满足只有反向reads的数据。FeatureTable
变量-- Design
,表示转换/编码过的数据,作为仅包含正值的替代。iqtree
和 iqtree-ultrafast-bootstrap
, 添加了一个n_cores_auto
新参数 ,当设置了n_cores auto时使用。也就是 n_cores_max
将限制自动设置的核心数。matplotlib
和 matplotlib-base
版本固定在 <3.3.FeatureTable[Design]
的对新类型split-table`添加了支持.q_score_joined
Method
. 请看上面的重大更新.alpha_rarefaction
的一个阻止metadata的列命名为“depth”的bug。alpha
, alpha_phylogenetic
, beta
, beta_phylogenetic
,和 alpha_rarefaction
来在 q2_diversity_lib
中实现的度量,以提高主要来源引用的灵活、安全和特异性。有关API的更改, 请看上面的重大更新。alpha_passthrough
, beta_passthrough和beta_phylogenetic_passthrough
的Method
s,提供尚未在本地实施/限制的 unifracand
scikit-biometrics的访问。大多数用户更愿意使用
diversity.alpha,
diversity.beta,或者
diversity.beta_phylogenetic`demux summarize
以更好地支持单独的反向reads.denoise_single
的帮助文件中修正了一个拼写错误 (和一些代码的linting问题) 。Happy QIIMEing!
之前的更新翻译在这里:
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