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[转载]pBWA -- 使用并行BWA加速大规模下一代测序数据比对

已有 3715 次阅读 2019-6-5 17:31 |个人分类:软件|系统分类:论文交流| bwa, 比对, 并行 |文章来源:转载

高通量测序产生了大量数据。将这些数据比对到参考基因组上是计算密集且耗时的。而并行计算能够加速这个过程。

pBWA是一个高效并行版BWA,基于Open MPI库。pBWA保留了BWA原来的多线程能力,为其核心比对函数添加了高效并行能力。

显示pBWA的实际时间加速仅受并行系统大小限制。pBWA可以并行和多线程同时运行,极大地降低了运行时间,加速了大规模基因组测序数据分析。
pBWA_compare.png


下载:http://sourceforge.net/projects/pbwa
语言:C
时间:20121128
参考:Speeding Up Large-Scale Next Generation Sequencing Data Analysis with pBWA



https://wap.sciencenet.cn/blog-707141-1183257.html

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