||| |
高通量测序产生了大量数据。将这些数据比对到参考基因组上是计算密集且耗时的。而并行计算能够加速这个过程。
pBWA是一个高效并行版BWA,基于Open MPI库。pBWA保留了BWA原来的多线程能力,为其核心比对函数添加了高效并行能力。
显示pBWA的实际时间加速仅受并行系统大小限制。pBWA可以并行和多线程同时运行,极大地降低了运行时间,加速了大规模基因组测序数据分析。
下载:http://sourceforge.net/projects/pbwa
语言:C
时间:20121128
参考:Speeding Up Large-Scale Next Generation Sequencing Data Analysis with pBWA
Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备07017567号-12 )
GMT+8, 2024-5-29 09:17
Powered by ScienceNet.cn
Copyright © 2007- 中国科学报社