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【工具篇之二】Scaffold 4软件界面初相识

已有 5311 次阅读 2019-4-6 19:16 |个人分类:蛋白质组学生信软件|系统分类:论文交流


Scaffold设计目的是旨在帮助科学家们找到他们生物样本中的蛋白,通过利用当前搜库软件导出的文件,例如:SEQUEST®, Mascot®, MaxQuant, X! Tandem和PD等,并对这些文件进行阐释,使科学家们更容易更快捷的从大数据中获取想要的信息,比较样本之间的差异以及搜索蛋白修饰。使找寻数据更加容易,可找到部分丢失的信息和数据,例如,可使科学家们导出未被鉴定的谱图,然后可以进行再次搜索找到特定的蛋白。


Scaffold分析流程图

先对原始数据进行搜库(使用SEQUEST或Mascot等),然后生成的文件导入Scaffold软件,如下图1:



图1


Scaffold主窗口


主窗口含有一些了的选择框,每一个窗口有各自的独特功能对数据进行分析。下图是主窗口的说明和示例,如图2所示。



图2


导航栏


主要包括文件,编辑,视窗,实验,导出,定量,窗口和帮助等选项,如下图3所示


daohang.png

图3


下表主要是对每一个导航栏内部内容的详细解释说明,如下表:


菜单

菜单指令

文件  




• Open—打开已经生成的SF3文件

• Merge—将不同的SF3文件合并

• Close—关闭当前窗口,常规操作按钮

• Save—储存当前文件

• Save As—储存为其他形式文件

• Save Condensed Data—储存并压缩

• Print—打印当前界面

• Print Preview—打印预览

• Exit—退出当前窗口

编辑




• Copy—复制文件到其他文档.

• Find—在当前界面查询

• Edit Peptide Threshold—编辑多肽可信阈值

• Edit Go Terms Options—查看GO Term

• Bulk Operation—批量操作蛋白列表

• Preferences—参数设置

• Advanced Preferences—高级参数

视角




• Navigation Pane— 左侧导航栏显示选项

• Switch Sample View—选择样本展示方式

• Switch Display Options—切换蛋白展示选项

• Show Entire Protein Clusters—显示表格全部蛋白组

• Show Lower Scoring Matches—显示可信度低的蛋白

• Show <5% Probabilities—显示可信度低于5%的蛋白

• Show Sample Notes—展示蛋白信息栏

• Show Hidden Proteins—展示隐藏蛋白信息

• Show GO Annotations—展示GO注释

• Navigate—导航

实验



• Edit Experiment—编辑实验描述

• Edit BioSample—编辑样本名称

• Delete BioSample—删除样本

• Apply New Database—加载新的数据库

• Apply Protein Annotation Preferences—加载蛋白注释参数

• Apply Go Terms/Configure Go Annotations  Sources—对样本进行GO注释加载GO数据库

• Quantitative Analysis— 定量分析

导出



• Subset DATABASE— 选择导出数据

• Spectra— 导出谱图

• ProtXML— 导出XML

• mzIdentML — 导出mzIdentML

• Scaffold Batch— 批量导出

• Scaffold Batch Archive— 批量导出文档

• Export To Excel: 下面是导出Excel

• Publication Report— 导出报告

• Samples Report—导出样本报告

• Spectrum Reports—导出谱图报告

• Peptide Reports—导出肽段报告

• Protein Reports—导出蛋白报告

• Current View— 导出当前视窗

• Complete— 导出整个报告

定量

 

/

窗口

此选项可以切换不同的窗口,然后并对窗口中特定区域进行放大切换。

帮助

帮助窗口可获取操作手册,关于内容,视窗,以及设置软件参数等提供相应参考资料。

 

工具栏介绍详情如下图所示:



符号

功能

1.png

Open—打开SF3文件

2.png

Save—保存

3.png

Print—打印当前窗口

4.png

Print Preview—打印预览

5.png

Copy—复制

6.png

Find—查找

7.png

Excel—导出Excel

8.png

BioSample Summarization level—生物样本分类

9.png

MS/MS Sample Summarization level—质谱样本分类

10.png

Quantitative Analysis—定量分析

11.png

Help—寻求在线帮助

 

条件筛选面板:



显示面板


Scaffold中包括各种不同的信息,面板中的所有窗口和表格具有以下特点:


  • 工具信息详情

用户可以将鼠标悬浮在具体的某一栏上查看其详细信息,点击F2按钮查看详细,点击Esc是关闭此窗口。

点击F2之后显示效果图:


                      

  • 调整每一栏和窗口的大小

    鼠标点击栏之间的分割线,出现双箭头之后可以调整栏宽度


 



  • 移动某一列

    鼠标选中目标栏表头,然后鼠标左键点击移动至目的位置





  • 列排序功能

    可对任意一栏的表头点击后进行排序筛选



  • 表格中进行多项选择

    点击CTRL或者SHIFT用鼠标进行选择



  • 鼠标右键菜单

    选择不同的View窗口后,每一个展示面板点击鼠标右键都有不同的子菜单出现,例如Protein View中三个不同的子展示面板:


示例1


示例2


  • 图表特殊功能

    某些图表具有放大和缩小功能,双击之后回复初始状态。

待续未完.


原文链接


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https://wap.sciencenet.cn/blog-3402731-1171799.html

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