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Cap3是一款历史悠久的序列拼接软件,非常适合Sanger序列拼接。此软件于1999年发表于Genome Rsearch杂志,目前Google统计引用4885次(截止2019年1月30号)。
Huang, X. and Madan, A. (1999) CAP3: A DNA sequence assembly program. Genome Res., 9, 868-877.
优秀的软件都会有在线版和本地版两个版本。在线版方便小数据量的用户、或无法拥有服务器和缺少Linux系统软件安装经验的用户,轻松点击鼠标完成拼接。本地版,配合强大的命令行,可以批量完成大数据量的拼接。
http://doua.prabi.fr/software/cap3
最后更新时间为2014年1月。
可以在对话框中提交如2条及以上要拼接,且存在overlap的fasta格式序列(方向无所谓,软件会自己调整),点击提交(SUBMIT)即可。
结果如下:
查看拼接的细节文件,有助于了解序列方向,拼接结构,碱基一致性等信息。
Number of segment pairs = 6; number of pairwise comparisons = 3
'+' means given segment; '-' means reverse complement
Overlaps Containments No. of Constraints Supporting Overlap
******************* Contig 1 ********************
27F+
515+
1492-
DETAILED DISPLAY OF CONTIGS
******************* Contig 1 ********************
. : . : . : . : . : . :
27F+ TGCAAGTCGAACGGCAGCACGGGAGCAATCCTGGTGGCGAGTGGCGAACGGGTGAGTAAT
____________________________________________________________
consensus TGCAAGTCGAACGGCAGCACGGGAGCAATCCTGGTGGCGAGTGGCGAACGGGTGAGTAAT
. : . : . : . : . : . :
27F+ ACATCGGAACGTGCCCAGTAGTGGGGGATAGCTCGGCGAAAGCCGGATTAATACCGCATA
____________________________________________________________
consensus ACATCGGAACGTGCCCAGTAGTGGGGGATAGCTCGGCGAAAGCCGGATTAATACCGCATA
. : . : . : . : . : . :
27F+ CGACCTACGGGTGAAAGCGGGGGACCGCAAGGCCTCGCGCTATTGGAGCGGCCGATGTCA
____________________________________________________________
consensus CGACCTACGGGTGAAAGCGGGGGACCGCAAGGCCTCGCGCTATTGGAGCGGCCGATGTCA
. : . : . : . : . : . :
27F+ GATTAGCTAGTTGGTGGGGTAAAGGCCTACCAAGGCGACGATCTGTAGCTGGTCTGAGAG
____________________________________________________________
consensus GATTAGCTAGTTGGTGGGGTAAAGGCCTACCAAGGCGACGATCTGTAGCTGGTCTGAGAG
. : . : . : . : . : . :
27F+ GACGACCAGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGG
____________________________________________________________
consensus GACGACCAGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGG
. : . : . : . : . : . :
27F+ GAATTTTGGACAATGGGGGCAACCCTGATCCAGCCATGCCGCGTGCGGGAAGAAGGCCTT
____________________________________________________________
consensus GAATTTTGGACAATGGGGGCAACCCTGATCCAGCCATGCCGCGTGCGGGAAGAAGGCCTT
. : . : . : . : . : . :
27F+ CGGGTTGTAAACCGCTTTTGTCAGGGAAGAAACGCGCCGAGCTAATACCTCGGTGTAATG
____________________________________________________________
consensus CGGGTTGTAAACCGCTTTTGTCAGGGAAGAAACGCGCCGAGCTAATACCTCGGTGTAATG
. : . : . : . : . : . :
27F+ ACGGTACCTGAAGAATAAGCACCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGG
____________________________________________________________
consensus ACGGTACCTGAAGAATAAGCACCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGG
. : . : . : . : . : . :
27F+ GTGCAAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGTGCGCAGGCGGCTTTGCAAGACAG
515+ AAGCGTGCGCAGGCGGCTTTGCAAGACAG
____________________________________________________________
consensus GTGCAAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGTGCGCAGGCGGCTTTGCAAGACAG
. : . : . : . : . : . :
27F+ ATGTGAAATCCCCGGGCTTAACCTGGGAACTGCATTTGTGACTGCATGGCTGGAGTGCGG
515+ ATGTGAAATCCCCGGGCTTAACCTGGGAACTGCATTTGTGACTGCATGGCTGGAGTGCGG
____________________________________________________________
consensus ATGTGAAATCCCCGGGCTTAACCTGGGAACTGCATTTGTGACTGCATGGCTGGAGTGCGG
. : . : . : . : . : . :
27F+ CAGAGGGGGATGGAATTCCGCGTGTAGCAGTGAAATGCGTAGATATGCGGAGGAACACCG
515+ CAGAGGGGGATGGAATTCCGCGTGTAGCAGTGAAATGCGTAGATATGCGGAGGAACACCG
1492- GGGGGATGGAATTCCGCGTGTAGCAGTGAAATGCGTAGATATGCGGAGGAACACCG
____________________________________________________________
consensus CAGAGGGGGATGGAATTCCGCGTGTAGCAGTGAAATGCGTAGATATGCGGAGGAACACCG
软件安装,可以通过官网下载源代码 http://seq.cs.iastate.edu/cap3.html。在Linux, Mac, Windows, Solaris各主流系统版本。
但推荐使用conda安装,会自动安装它及相关的40余个依赖关系
conda install cap3
cap3 File_of_reads [options]
如: cap3 seq.fa
seq.fa中包括要拼接的序列,可以手动制作。也可以使用脚本。
通常测序的结果为.seq文件。我们要将序列合并有一个共同的前缀,如RiceP14C02,使用我写的脚本format_seq2fasta.pl将其合并为fasta格式,脚本在我的 https://github.com/YongxinLiu/Note 中 Perl 文件夹中
如:输入文件保存于seq目录中名字如下:
seq/RiceP14C02_1492R.seq
seq/RiceP14C02_27F.seq
seq/RiceP14C02_515F.seq
合并一条序列的多个文件
file=RiceP14C02
format_seq2fasta.pl -i "seq/${file}_*.seq" -o ${file}.fa
对于另一个拼接的任务,你可以修改file等号后面的即可。想要批量调用,直接使用for循环即可
运行cap3,只需提供输入fa文件
cap3 ${file}.fa
结果有如下5个文件
由于每个序列名称都叫Contig1,需要改名为序列名
sed -i "1 s/Contig1/${file}/" ${file}.fa
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