|
Atom OXT in residue ASP 298 was not found in rtp entry ASP with 9 atoms
PDB数据库中下载后的结构可能存在一定的问题,通过schrodinger中的protein preparation处理后,默认蛋白的末端是保留COO的,这时候最后一个O的原子名字为OXT。 删除该原子就可以了。
如果要在末端添加一个氨基酸,可以在pymol 中切换到edit模式后选择C原子,然后点击build->residue-> 选择残基就可以了。
OXT means the oxygen atom of the terminal residue (here is ASP) on backbone chain.
----------------------------------------------------------------------------------------------
pdb2gmx 模式的质子化模式是基于残基的,每个残基都有默认的质子化状态。
pdb2pqr H++在线工具进行质子化,可以基于微环境判断残基的质子化状态,得到pqr文件后,用PyMOL 打开查看里面的质子化状态和pdb2gmx -inter 联合使用。
select ASPs,resn ASP
ASPs=cmd.get_model('ASPs').atom
print len(set(map(lambda i: i.resi,ASPs)))
print sum( map(lambda i: i.partial_charge,ASPs))
在pymol 中统计相应的残基的电荷和个数。
--------------------------------------------------
PyMOL>select GLUs,resn GLU
Selector: selection "GLUs" defined with 365 atoms.
PyMOL>GLUs=cmd.get_model('GLUs').atom
PyMOL>print len(set(map(lambda i: i.resi,GLUs)))
23
PyMOL>print sum( map(lambda i: i.partial_charge,GLUs))
-21.0000003949
我们可以看到23个GLU,电荷为-21,说明有2个GLU没有带电荷。
PyMOL>select doubles, fc. = -1 and resn GLU and 1t48
Selector: selection "doubles" defined with 23 atoms.
------------------------------------------------------------------
计算
计算各个残基的电荷
PyMOL>load 1t48.pqr
CmdLoad: "1t48.pqr" loaded as "1t48".
PyMOL>run pqr4gro.py
lys 5 1.0000000596
lys 12 1.0000000596
lys 36 1.0000000596
lys 39 1.0000000596
--------------------------------------------------------------------------------
PDB2PQR 在线服务器会自动修改残基的名字
http://nbcr-222.ucsd.edu/pdb2pqr_2.1.1/
现在schrodinger中准备后蛋白,然后把所有的H原子删除,然后把文件提交到pdb2pqr服务器就可以了。
得到的pdr文件,通过obabel 或者 pymol 转成pdb 即可。
---------------------------------------------------------------------------------
直接通过pdb2gmx进行加H的话,不会改变残基的名字,不同环境的HIS,可能会加1个H,也可能会加2个H。和propka加H不完全一样。
通过topol文件,比较2种方式的残基的电荷差异。
指定生成topol文件的名字
-p xxx.top
[z1t48]$ grep '; residue ' 1t48_noHh.top >1t48_nohH.q
[z 1t48]$ grep '; residue ' 1t48_pqr2.top >1t48_pqr2.q
[z 1t48]$ diff 1t48_nohH.q 1t48_pqr2.q
100c100
< ; residue 101 GLU rtp GLU q -1.0
---
> ; residue 101 GLH rtp GLH q 0.0
213c213
< ; residue 214 HIS rtp HIP q +1.0
---
> ; residue 214 HID rtp HID q 0.0
propka方式 对101位的GLU进行了质子化
pdb2gmx 自带的质子化方法对214的his 进行了质子化。
导致这两种方式虽然经过质子化后,总的电荷和原子数目相同,但是细节上还是存在一定的差异性。
建议采用propka(pdb2pqr)方式进行质子化,术业有专攻,专业的事用专业的软件来做。
Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备07017567号-12 )
GMT+8, 2024-9-27 09:11
Powered by ScienceNet.cn
Copyright © 2007- 中国科学报社