利用近等基因系进行RNA-Seq定位目标QTL——论材料的重要性

时间都去哪了？在昏沉的下午，胖丫望着实验室一众忙碌的身影，有点茫茫然。2017年就走到头了，又是不堪回首的一年。跟着我左手右手一个慢动作，一年到头休息的日子就数过来了，而看看取得的成果貌似一只手都绰绰有余。前几日师兄调戏胖丫说，2017胖丫最重要的收获就是体重，胖丫已经完全放弃治疗，完全放飞自我。胖丫一遍梳理刘海，一边回应道，师兄最重要的收获是肚子吧。油腻中年男人端着泡着枸杞的茶杯，就不要站着说话不腰疼了。果然都是亲师兄亲师妹，取笑起来不含糊。

一年一度的基金申请也快开始了，免不了又要掉几根烦恼丝。趁着岁末年初，何不整理下自己领域的研究进展，规整规整文献，数数看了几篇文献，这好歹也算是收获之一。从即日起，欢迎各位小伙伴将整理好的自己研究方向的小麦文献列表发给我们一份，整理汇总之后我们会推送出来。现在可以闭上眼睛想想，今年看了几篇文献，可以放下手机，跟着我左手右手一个。。。。。。，如果想不起来那就整理下吧。不能只顾往前走，也得回头看看脚印走的漂亮不漂亮。

好了，言归正传正传之前，别忘了刚刚说过的事。今天小编简要介绍一篇关于大麦抗冠腐病QTL定位的文章。题为“A multiple nearisogenic line (multi‑NIL) RNA‑seq approach to identify candidate genesunderpinning QTL”。通讯作者是Chunji Liu。

话说Chunji Liu老师小编也是一直关注着他（她），Liu发了很多测序的文章，感兴趣的大家可以搜一下。QTL定位的文章目前很多，除了利用传统的遗传群体外，还有GWAS，关于这一块，我们的瑞哥很有经验，做了很多推送，QTL mapping 思路总结（二）GWAS-1，GWAS思路总结-2。

这篇文章利用多对抗感近等基因系进行RNA-Seq，分析差异SNP并进行物理定位后，发现3对近等基因系共同差异的SNP重叠区域在6.3Mb左右，这部分区域很可能与QTL极为关联，从而迅速锁定了该候选区域，见下图。

分析差异表达基因发现，至少在两对近等基因系中都差异表达的基因也在这个范围，约9.8Mb，进一步确认了该区域为目标QTL区域。基因分析对四个可能为候选基因的转录本进行了定量PCR测定。当然，这一结果还需更精细的定位手段进行验证。

本文提供了一个QTL定位新思路，其实也不算什么新思路了，算是定位过程中一叠开胃菜。不过当我兴致勃勃的跟胖丫聊天谈及此事时，胖丫弱弱的说了一句：“辉哥，这个对于效应值较大的QTL很实用，要是效应值很小的，表型都拿捏不准的还是算了吧”。嗯，大家还是根据自身的实际情况来决定吧，不过创建材料真的很重要！很重要！每年的小麦杂交季大家千万不要错过，设计好试验方案，多多创建一些材料，为后期的研究奠定基础吧，技术什么的都好说，材料可不是一天两天就能出来的。研究永远在路上！最近听说，老美分了8个粒重基因图位克隆的工作给各家单位，效应好的基因研究的人也多，大家好加把劲呢。

最后，再推荐两篇小麦的利用近等基因系定位抗穗发芽的文章，题为“Transcriptomicanalysis of wheat near-isogenic lines identifies PM19-A1 and A2 as candidatesfor a major dormancy QTL”，可以参见我们公众号的解读抗穗发芽Phs-A1位点研究进展。

另外一篇是上次解读漏掉的“The wheat Phs-A1 pre-harvestsprouting resistance locus delays the rate of seed dormancy loss and maps 0.3cM distal to the PM19 genes in UK germplasm”。

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