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作者:小丫 来源:嘉因
这次小丫汇总了各物种的ATAC-seq数据,水里的有海胆、斑马鱼、文昌鱼、青鱂鱼。做了哪些数据?发表了哪些文章?
斑马鱼有25套ATAC-seq数据,出自10项研究。貌似ATAC-seq + RNA-seq成了标配。
No. 1. 2015年发表于PNAS。
Deep conservation of wrist and digit enhancers in fish. Proc Natl Acad Sci U S A 2015 Jan 20;112(3):803-8. PMID: 25535365
GSE61065,2套斑马鱼的ATAC-seq + 1套小鼠的ATAC-seq
No. 2. 2016年1月发表于Science。
A zebrafish melanoma model reveals emergence of neural crest identity during melanoma initiation. Science 2016 Jan 29;351(6272):aad2197. PMID: 26823433
GSE75356,2套ATAC-seq + 46套ChIP-seq和microarray
No. 3. 发表于2016年4月的Nature Genetics。
Active DNA demethylation at enhancers during the vertebrate phylotypic period. Nat Genet2016 Apr;48(4):417-26. PMID: 26928226
GSE68087,4套ATAC-seq + 26套RNA-seq和DNA甲基化数据
No. 4. 今年4月发表于Cell Reports,影响因子:8.282。
Biotagging of Specific Cell Populations in Zebrafish Reveals Gene Regulatory Logic Encoded in the Nuclear Transcriptome. Cell Rep 2017 Apr 11;19(2):425-440. PMID: 28402863
GSE89670,2套ATAC-seq + 16套RNA-seq
No. 5. 今年7月发表于Cell Reports,影响因子:8.282。
Robust Identification of Developmentally Active Endothelial Enhancers in Zebrafish Using FANS-Assisted ATAC-Seq. Cell Rep 2017 Jul 18;20(3):709-720. PMID: 28723572
GSE97257,6套ATAC-seq + 4套RNA-seq
No. 6. 今年8月发表于eLife,影响因子:7.725。
A chemical screen in zebrafish embryonic cells establishes that Akt activation is required for neural crest development. elife. 2017 Aug 23; 6
F1000两颗星推荐
GSE95815,4套ATAC-seq + 2套RNA-seq
No. 7. GSE74617,有1套ATAC-seq和Input,还有组蛋白修饰的ChIP-seq,4C-seq,2015年就提交了,上个月更新了一次,文章还没发表。
No. 8. SRP108989,4套ATAC-seq + 6套RNA-seq,今年6月由BRFAA提交到SRA,未发表文章,血管内皮,做造血相关研究。
文昌鱼,1套数据,2016年发表于Nature Genetics。
A single three-dimensional chromatin compartment in amphioxus indicates a stepwise evolution of vertebrate Hox bimodal regulation. Nat Genet 2016 Mar;48(3):336-41. PMID: 26829752
GSE68737,文昌鱼的1套ATAC-seq + 73套文昌鱼和斑马鱼的4C-seq
青鱂鱼,SRX3166081,1套ATAC-seq + RNA-seq + DNase I-seq,2015年提交到SRA,未发表。
海胆的21套ATAC-seq都出自这一项研究:GSE95651
7个时间点,各3次生物学重复
18 hour post fertilization (hpf), 24hpf, 30hpf, 39hpf, 50hpf, 60hpf, 70hpf
今年3月提交到GEO,相应的文章还没发表。
作者Kudtarkar P和Robert Andrew Cameron于今年1月发表了一个棘皮动物的数据库:http://www.echinobase.org
总结,水生生物的发展空间很大啊!
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