做系统发育和DNA条形码研究，经常要用到串联几个序列，常用的方法是将序列按照按顺序排列，若出现缺失序列，则需要自己补齐，最后在mega等软件中连接。此方法适合少量数据，当面对条形码大量数据，且涉及的片段较多时，非常麻烦，常常出错，严重影响数据分析和研究者的耐性。

下面介绍利用phylotools程序包拼接序列。

install.library("phylotools")

library("ape")

matK<-choose.files() # 选择文件

matK.fasta<-read.fasta(matK)  #读取文件

dat2phylip(matK.fasta,"matK.phy") #转换成phylip格式

#选择文件

matK.phy<-choose.files()

trnH_psbA.phy<-choose.files()

#利用phylotools软件包合并数据

#matK_trnH_psbA

supermat(infiles = c(matK.phy,trnH_psbA.phy),outfile="matK_trnH_psbA.phy",partition.file="matK_trnH_psbA.txt")

#转换fasta 格式

#matK_trnH_psbA

matK_trnH_psbA.phy<-choose.files() #选择文件

matK_trnH_psbA.phy<-read.phylip(matK_trnH_psbA.phy) # 读取文件

dat2fasta(matK_trnH_psbA.phy,"matk_trnH_psb.fasta") #转换为fasta格式

******************************分割线**************************

建议将所有序列的名字转换成简单的数字

supermat介绍可以用fasta格式直接拼接，但是个人试验效果不好，还是乖乖用phy格式。

感谢张金龙老师的创造发明！！