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天文常用软件安装二[python] 2016.9.

已有 3559 次阅读 2016-9-7 10:06 |个人分类:softs|系统分类:科研笔记| softs

mac下安装python3.x。

mac系统和linux一样,自带python,但没有3.x版本,需要新安装3.x版本,以python3.5为例,系统mac El Capitan。2.x老版本都已自带在/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/目录下,新安装的版本将在/Library/Frameworks/Python.framework/Versions目录下,运行命令在/usr/local/bin目录下。


1. 先在官网下载正确系统版本的python,按提示安装完成。

2. /System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/目录下有一个Current,这是一个目录符号链接,指向当前的Python版本。原来指向2.7的,现在需要指向3.5。所以应先删除Current。然后重新建立Current符号链接。

sudo ln -sf /Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.5 /System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/Current


3. 删除旧的命令链接,建立新的命令链接

sudo rm /usr/bin/pydoc

sudo rm /usr/bin/python  

sudo rm /usr/bin/python-config    


sudo ln -sf /Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.5/bin/pydoc3.5 /usr/bin/pydoc

sudo ln -sf /Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.5/bin/python3.5 /usr/bin/python

sudo ln -sf /Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.5/bin/python3.5m-config /usr/bin/python-config  


4. ipython、pip建立新的命令链接

目前的版本python都自带ipython和pip了,只是共存了许多版本,这里需要指明。可以把这两个命令直接拷贝过去,也可以和上面一样建立命令链接。建议删除/usr/bin中的ipython和pip,在/usr/local/bin中拷贝/建立ipython和pip指向新版本的python,即指向/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.5。例如通过运行pip -V查看版本信息,提示

pip 8.1.2 from /Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.5/lib/python3.5/site-packages (python 3.5)之类字样,说明成功。


5. 其他的包的安装全部可以通过pip安装,天文常用的为numpy、scipy、matplotlib、astropy等。


问题:

1. mac系统10.11出现一个问题就是系统安全考虑,系统改为rootles,禁止修改系统关键文件,所以原来在系统目录下安装python3.x就成问题了,可以先关闭rootless。mac开机时立刻按下 Command+R 键,进入恢复模式 (Recovery Mode)


在恢复模式下,按下[OS X 实用工具][终端]。

输入命令

csrutil disable; reboot   # 开启 enable

等待重启。此时,你已经禁用了 Rootless

你可以在进入系统后,在终端运行

csrutil status

来查看其状态。

也可以不用关闭rootless,而修改.bashrc文件。就是在.bashrc中建立新命令指向新的python版本。如:

alias ipy="/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.5/bin/ipython --pylab"

2. astropy安装。可能会提示error: command 'clang' failed with exit statusxcode的license问题。可以

sudo xcodebuild -license     然后
sudo CC=clang pip install (--upgrade) astropy





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