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Fuzzifier*：鲁棒且敏感的多组学数据分析: 张俊鹏 2026-2-27 09:45; Fuzzifier* ：鲁棒且敏感的多组学数据分析几十年来高通量测序和其他组学技术已经改变了生物研究，为复杂生物系统提供了前所未有的洞察。然而，由于固有的不确定性、技术偏差和测量不精确，对这些数据的解释仍然具有挑战性。这些问题包括通过统计（或生物信息学分析）得出稳健、可靠和值得信赖的结论，在生 ...; 个人分类: 科普|214 次阅读|没有评论

DEPower：使用 DESeq2 进行近似功效分析: 张俊鹏 2026-2-26 10:10; DEPower ：使用 DESeq2 进行近似功效分析差异表达（ DE ）分析是转录组工作流程中普遍的一部分。在典型场景中，此类分析涉及构建一个统计模型来描述观测到的基因表达，该模型编码具有生物学意义和偶然性的协变量，例如扰动和实验批次的影响，拟合模型，并执行一系列零假设统计检验，以识别在所测 ...; 个人分类: 科普|361 次阅读|没有评论

cspray：分布式单细胞转录组分析: 张俊鹏 2026-2-24 10:59; cspray ：分布式单细胞转录组分析基于微滴的单细胞 RNA 处理最初始于数万个细胞的样本。随着其他技术的不断进步，这一规模已稳步扩大，以最大化通量和引入多重检测。 PIPseq 等技术的应用进一步将这一规模推向百万细胞以上， Elz 等人在其最近关于商业单细胞 RNA 测序技术的综述中报告称，目 ...; 个人分类: 科普|646 次阅读|没有评论

CellCov：基因体覆盖分析: 张俊鹏 2026-2-24 10:56; CellCov ：基因体覆盖分析单细胞 RNA 测序已广泛普及，并被广泛应用于生物医学研究。近期技术进步已将其应用范围从简单的 RNA 标记（ 3' 或 5' 端）的基因级计数扩展到对转录本的全面覆盖。随着新方法不断涌现，全面的基准测试和适当的质量控制对确保结果的有效性变得越来越重要。 ...; 个人分类: 科普|654 次阅读|没有评论

SCCVAE：变分因果推理学习遗传扰动效应: 张俊鹏 2026-2-24 10:54; SCCVAE ：变分因果推理学习遗传扰动效应基因编辑技术为细胞中基因调控的研究提供了有用的探针。通过扰动单个基因并观察转录组变化，我们可以分离和解析这些扰动的下游效应。这些见解促进了各种下游应用，从识别参与基本细胞过程的基因，到发现潜在的药物靶点用于治疗。有许多潜在的靶基因可以进行扰动。 ...; 个人分类: 科普|665 次阅读|没有评论

DeepCE：相关性增强基因调控网络推断的深度学习框架: 张俊鹏 2026-2-24 10:53; DeepCE ：相关性增强基因调控网络推断的深度学习框架单细胞技术的最新进展为同时测量数千个单个细胞的分子活动提供了强大的工具。单细胞研究的优势在于能够详细准确地表征细胞异质性。然而，大量高维和嘈杂的单细胞数据给数据分析和数学建模带来了重大挑战。单细胞数据的兴起推动了旨在重建动态细胞过程的 ...; 个人分类: 科普|663 次阅读|没有评论

ULMnet：使用单变量线性模型推断细胞通讯网络: 张俊鹏 2026-2-24 10:51; ULMnet ：使用单变量线性模型推断细胞通讯网络身体组织中的细胞存在于一个复杂且动态的多细胞环境中，与邻近细胞相互作用，每个细胞的功能都受到与其他细胞相互作用网络的影响。多细胞生物中的细胞通过这些动态相互作用网络，从早期胚胎发育到成年期持续进行交流。每当这些相互作用受到干扰时，细胞功能可 ...; 个人分类: 科普|642 次阅读|没有评论

整合基因调控信息和FAIR原理知识有助于发现致病基因调控变异: 张俊鹏 2026-2-14 10:36; 整合基因调控信息和 FAIR 原理知识有助于发现致病基因调控变异全基因组测序（ WGS ）成本的显著下降以及健康保险计划对 WGS 覆盖范围的增长加速了 WGS 在临床领域的应用诊断与研究目的。从诊断性全外显子测序（ WES ）向 WGS 的转变，使得人们能够看到人类基因组中编码氨基酸的 ~1% 之 ...; 个人分类: 科普|1728 次阅读|没有评论

人类大脑发育的单细胞蛋白质组图谱: 张俊鹏 2026-2-14 10:32; 人类大脑发育的单细胞蛋白质组图谱蛋白质协调生物过程并执行维持细胞活动的重要功能。虽然遗传学研究加深了我们对复杂疾病的理解，但将这些发现转化为机制见解取决于蛋白质水平的验证。虽然 mRNA 提供了转录活动的一个便捷快照，但越来越多的证据揭示了它在准确反映蛋白质丰度方面的局限性。 ...; 个人分类: 科普|1607 次阅读|没有评论

BiomarkerKB：支持以生物标志物为中心的集成知识库: 张俊鹏 2026-2-11 10:07; BiomarkerKB ：支持以生物标志物为中心的集成知识库生物标志物是现代生物医学研究和临床实践的基础，能够帮助识别疾病、预测治疗反应以及监测患者结果。在过去的二十年中，高通量技术、临床试验和电子健康记录（ EHR ）的快速发展导致生物标志物及其相关注释（包括遗传、蛋白质组、糖组学和代谢组测量） ...; 个人分类: 科普|1362 次阅读|没有评论

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