标记名称

引物设计方法

特点

应用

多态性原因

RAPD

以几个随机寡核苷酸(常用10个)为引物

简便、易行、灵敏、安全性好、 DNA用量少，能快速进行基因多态性研究，但重复性较差

遗传资源保存、遗传多样性研究、种质资源鉴定、遗传资源分类、品种纯度鉴定、遗传图谱的构建、突变检测、基因标记和基因组比较

多态性是由于引物与不同区段的同源序列结合，产生不同的DNA产物

RFLP

以单拷贝或低拷贝的DNA克隆(基因组

DNA或cDNA)作探针

共显性、信息完整、稳定性、重复性好

品种鉴别和品系纯度鉴定、分子标记连锁图谱构建、基因定位、种质鉴定和遗传背景分析、遗传多样性分析

多态性主要足由于限制性内切酶酶切位点或位点间DNA序列中

单碱基的替换、DNA片段的插入、缺失、易位和倒位等引起

SSR

两端序列较保守， SSR引物根据与微卫星重复序两端的特定短序列设计，用来扩增重复序列本身，从而揭示微卫星的多态性。

共显性、信息完整、稳定性重复性好，操作简单

生物遗传作图、基因定位、群体遗传研究、个体间亲缘关系鉴定

多态性是由于SSR座位的基本单元重复次数的小同而形成

SNP

DNA测序中碱基的峰

高和面积变化，已有DNA序列比较，设计特定区域DNA片段的PCR引物，扩增

相虑DNA片段并进行

序列比较

SNP的数量极其丰

富，并且可以进行自动化检

适应于复杂性状的遗传分析、引起群体差异的基因识别

多态性足由于单个核苷酸的变异所引起

AFLP

用两种能产生黏性末端的限制性内切酶将基因组DNA切割成分子量人小不等的限制性片段，然后将这些片段与其末端互补的已知序列的接头连接，所形成带接头的特异片段用作随后的PCR反应模版，PCR引物5’端与接头和酶切位点序列互补，3’端在酶切位点后增加1～3个选择性碱基

不需要预先知道

DNA序列信息的情况下就可以同时进行多数DNA酶切片段的PCR扩增，既有RFLP的可靠性又有RAPD的方便性

构建高密度的遗传

连锁图，DNA指纹

图谱构建

多态性是由于酶切位点和其后的选择性碱基的变异

SCAR

根据RAPD或AFLP碱

基序列设计特异引物

克服了RAPD标记

的不稳定性，   AFLP标记的难操作性

生物遗传作图、基因定位

多态性是由于引物与不同区段的同源序列结合，产生不同的DNA产物

CAPS

适合于扩增产物的限

制性内切酶

是一些特异引物

PCR标记的延伸

适应于性状连锁标

记的发掘

多态性是由于特异PCR产物DNA序列内限制性晦切位点变异