Bondstretch undefined between atoms   3487   3489 C-H1 [H,L]  
Angle bend  undefined between atoms   3480   3487   3489 CT-C-H1 [H,H,L]  
Angle bend  undefined between atoms   3488   3487   3489 O-C-H1 [H,H,L]

c h1310.5 1.112

ct c h1 46.110 114.400

o c h1 54.280 120.930

addH.zip

--result--

HrmStr1 c  h1  310.5    1.112
HrmBnd1 ct c h1    46.110     114.400
HrmBnd1 o c h1     54.280     120.930

------------------

高层和底层断开的地方需要用H链接作为cap

----------------

-----------------------

command：

antechamber –i1_BRV_preped_charge.log –fi gout –o 1_BRV_preped_charge.prep –fo prepi –c resp 

是否需要-nc 选项，指定小分子的电荷信息。

nc: net charge

-nc -1 带1个负电荷

-nc 0 不带电荷

------------------

command：

parmchk  -i1_BRV_preped_charge.prep -fprepi -o 1_BRV_preped_charge.frcmod  -a y

---------------------

通过这2个命令能得到frcmod文件。

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%mem=8GB

%nproc=8

%chk=1_BRV_preped_charge.chk

# m062x/6-311g(d,p) pop=mk iop(6/33=2,6/42=6)

1_BRV_preped_charge

-2 1

C                 21.76500000   35.91700000  10.27300000

C                 18.62500000   38.64700000  13.07800000

…….

…….

……

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amber14中的antechamber用的关键词是pop=mk  iop(6/33=2,6/42=6)  

这样可以直接使用log文件。

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结果：

HrmStr1 c  h1  310.5    1.112
HrmBnd1 ct c h1    46.110     114.400
HrmBnd1 o c h1     54.280     120.930

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pop=mk 等信息放在行的末尾，只对优化后的构象计算电荷，否则会对中间构象计算电荷。

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高斯QM/MMgjf文件，坐标信息后面空一行，添加MM力场参数信息。