autodataming的个人博客分享 http://blog.sciencenet.cn/u/autodataming

博文

Modeller进阶教程---基于多模板的同源模建

已有 6392 次阅读 2013-9-23 18:55 |系统分类:科研笔记

multimodes.zip

在操作过程中遇到问题可以联系我:744891290@qq.com

Modeller 进阶教程

基于多模板的同源模建

所用的数据在multimodel.zip

背景:

在基础教程中,我们利用1bdmA进行模建蛋白TvLDH,1bdmA有一段loop区域(resi93-100)是缺失的,而这段区域对功能来讲很重要。构建出来的模型,在这段区域dope打分很高。

所以是不合理的,需要进行优化。

步骤:

Step1

寻找合适的模版

在官网教程中是利用结构聚类的方法,找到1bdm的家族(2mdh:A,2mdh:B. 1b8p:Aand 1bdm:A).

2mdh已经out了,被淘汰了,目前是4mdh取代2mdh

也就是说官方的教程需要更新,

2mdh4mdh的序列是完全不一样的。

也就是2mdh可能测序错误。

对他们进行结构序列的初步比对(salign.py);

建议在比对之前先在pymolalign观察下。

???

为什么不选用基础教程中分析的模板(1b8p:A  7mdh:A  1bdm

知道答案的,请联系我.

pymolalign来看的话我觉得7mdh要好一点,所以下面的操作我选用7mdh

Step2

多模板的初步序列3d比对

salign.py

得到fm00495.papfm00495.ali

Step3

序列比对2d

3个模板的序列和要建立模型的序列进行比对align2d_mult.py

fm00495中的比对结果作为一个整体进行调整,同时插入空格

Step4

基于多模板建立模型

models2mode.py

Step5评价产生的模型

生成DOPE信息anly_dope.py

Input:xxx.pdb

Out:xxx.profile

第一字段是氨基酸的序号,第42个字段是氨基酸的dope

利用awk命令将其提取出来。

  awk  ‘{print$1 “  ”$42}’ xxx.profile >doep.score

然后作图分析。

 

 

 

 

 

 

 

 

参考

http://salilab.org/modeller/tutorial/advanced.html

 




https://wap.sciencenet.cn/blog-950202-727267.html

上一篇:MODELLER基础教程---基于单模板的同源模建
下一篇:Modeller---对蛋白指定的loop区域进行优化

0

该博文允许注册用户评论 请点击登录 评论 (0 个评论)

数据加载中...

Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备07017567号-12 )

GMT+8, 2021-10-21 06:20

Powered by ScienceNet.cn

Copyright © 2007- 中国科学报社

返回顶部