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统一open和close两个构象的PDB结构信息

已有 1358 次阅读 2019-1-16 11:54 |系统分类:科研笔记

统一open和close两个构象的PDB结构信息


主要通过

SI.zip

解决这个问题。


场景:

gromacs 计算RMSD 需要原子序号一致。


#### 摘要

同一个蛋白,解析了OPEN和CLOSE 2个构象,OPEN 构象中可能会有一段 loop 缺少。


#### 方法

step1. 补残基

补全loop,使得残基数目相同。

1t48 的范围是2-299;

6b90 的范围也是2-299;

1t48_clean.pdb

6b90_clean.pdb 去除重复构象,把A构象的标识也删除,否则PDB2PQR 会误认为有多个构象。

PyMOL去除alt A的标识。

alter all,alt=''


step2. 质子化

推荐使用 pdb2pqr 网站分别进行质子化,AMBER 命名选项很重要。

FF: amber;Name: amber;

得到文件:

1t48_clean.pqr

6b90_clean.pqr


这里我们得到了1t48_propka.pdb,我们可以看到


从原子数目和质子化后电荷的数目来看,是一致的。

进一步进行一一配对检查。

python.exe .\compareOpenClose.py 6b90_confa_clean_noH_recode.pqr 1t48_clean_noH.

pqr

ATOM      1  N   GLU     2

行号对应检查,发现 GLN ASN HID 等残基的原子编号可能不一致。

即使删除所有的H原子重新propka处理,还是会出现原子编号不一致的情况。

根据残基编号加原子名字,建立字典。

这里我们以1t48作为模板,将6b90重新编号。

python .\recode.py .\1t48_clean_noH.pqr .\6b90_confa_clean_noH.pqr





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