pymol 中的二级结构判断引擎是dss;

dss基于主干几何形状和氢键模式定义二级结构。

此命令将生成与DSSP和其他程序略有不同的结果。 大多数偏差发生在边界或过渡区域。 一般来说，PyMOL更严格，因此分配更少的螺旋/片状残留物，除了部分扭曲的螺旋，PyMOL倾向于容忍。

如果对dss 产生的结果不认同的话，可以手动更改。

# set residues 123-125 as being loopsalter 123-125/, ss='L'# set the secondary structure of selection (pk1) to beta sheetalter pk1, ss='S'# set residue 90 to be alpha-helicalalter 90/, ss='H'# update the scene in PyMOL to reflect the changes.rebuild

# set residues 123-125 as being loops
alter 123-125/, ss='L'
# set the secondary structure of selection (pk1) to beta sheet
alter pk1, ss='S'
# set residue 90 to be alpha-helical
alter 90/, ss='H'
# update the scene in PyMOL to reflect the changes.
rebuild

对于PyMOL，重点放在卡通美学上，因此在分配过程中使用氢键模式和主干几何。 根据当地情况，螺旋和链分配基于几何形状，氢键或两者。

此命令将生成与DSSP和其他程序略有不同的结果。 大多数偏差发生在边界或过渡区域。 一般来说，PyMOL更严格，因此分配更少的螺旋/片状残留物，除了部分扭曲的螺旋，PyMOL倾向于容忍。

警告：此算法尚未经过严格验证。

二级结构确定

与PyMOL一样，二级结构分配引擎是临时的，并根据经验进行调整以产生理想的美学效果。 虽然有一些phi / psi显然是螺旋/片状而其他明显不是，但是有一些phi / psi空间区域，分配是主观的或任意的。 根据我的经验，基于严格定义的算法倾向于在这些区域中运行不佳，因此PyMOL的算法是“模糊的”，因为存在灰色区域，其中残留物可以被接受或拒绝为螺旋/片材，这取决于周围环境。

没有任何硬性和快速的定义。 但是欢迎您查看以“ss_helix”和“ss_strand”开头的设置集合，注意包含和排除设置是以度为单位的目标周围偏差。 如果您认为PyMOL错误地分配了二级结构，那么您可以尝试改变它们。

# 参考

1. https://pymolwiki.org/index.php/Dss

2.