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搭建溶液模型

已有 4055 次阅读 2016-11-1 08:51 |系统分类:科研笔记

如何搭建溶液模型?由于溶液其实相当于一种无定型的结构,分子与分子之间以长程相互作用为主,键长键角并不唯一,而且一般这样的系统的模型都要包含几十甚至上百个分子。所以,可以想象,手动搭建这样的模型几乎是不可能的。需要计算机辅助建模。

借助Materials studioAmorphous cell tools来搭建溶液模型。需要指出的是,AC能搭建(I)一种分子组成的无定型结构,或者(II)两种分子组成的溶液,对于既含有周期结构的表面,又含有无定型结构的分子的模型无能为力。

I)以H2O为例。首先要有H2O的结构,可以采用Dmol直接优化一下,或者搭建盒子模型使用Castep优化得到基态结构。

然后调出AC的计算面板或者Construction面板,设置密度,分子数目,运行即可得到。

II)以HF的水溶液为例。优化HFH2O的基态结构。

调出AC的计算面板或者Construction面板,设置密度,分子数目,运行即可得到。








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