有个本地版的blat和isPcr总是会方便很多的。

我在ubuntu 13.04安装isPcr时报错，解决了，按例记一下，备查。

下载地址：

http://users.soe.ucsc.edu/~kent/src/

或

http://genome-test.cse.ucsc.edu/~kent/exe/

安装过程：

其实 echo $MACHTYPE返回的默认值是x86_64-pc-linux-gnu

所以需要export MACHTYPE=x86_64

mkdir -p ~/bin/$MACHTYPE

mkdir -p lib/$MACHTYPE

直接make会报错：

chainBlock.c: In function ‘findBestPredecessors’:
chainBlock.c:290:16: error: variable ‘bestLeaf’ set but not used
[-Werror=unused-but-set-variable]

于是，

vi inc/common.mk

去掉 两个-Werror，就可以顺利make了。

编译好的可执行程序在 ~/bin/${MACHTYPE}