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利用中国农业科学院作物所王建康老师课题组开发的ICIM软件QTL IciMapping Version 4.2快速进行数据间的多重比较
软件下载地址:https://isbreeding.caas.cn/rj/qtllcmapping/index.htm
QTL IciMapping Version 4.2
1.安装成功后,先新建一个工程项目
file--new project--命名和选择保存路径--
2.准备好输入数据
Example打开示例文件--AOV方差分析--打开Beans文件--对照示例文件填写输入数据格式--Observation表中输入实验数据信息-- 前三列依次分别为环境Environment,基因型或株系Genotype信息,Block实验区组或观测重复值--第四列开始为表型观测值--GeneralInfo中输入数据表中的总列数和总行数--保存好输入数据,并记住文件地址路径信息
3.导入输入数据
--Open--aov--打开输入数据所在文件夹,选择输入文件格式--点击输入数据文件--成功导入--
4.进行数据的多重比较分析
选择multiple comparison--点击Start--分析成功后点击result--mct即为多重比较的结果
补充
如果你的数据比较全面完整的话还可以做其他分析。
.aov文件下,可以点击Figures进行作图分析
可以作图分析,频率分布图,QQ图(看是否符合正态分布),双标图(PCA分析)
相关性分析
.gei 基因型和环境互作
.mct 多重比较
.pca 主成份分析
.sum 总结性表格
.tab 方差分析汇总 H^2_per_plot 和 H^2_per_mean(一般用平均数来做)是遗传力分析。
个人学习使用总结,同大家分享交流,如有错误烦请批评指正。
方差分析和多重比较
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