FASTX-Toolkit

主页： http://hannonlab.cshl.edu/fastx_toolkit/
下载：http://hannonlab.cshl.edu/fastx_ ... it-0.0.13.2.tar.bz2
截图
常用程序：fastx_quality_stats；fastq_quality_boxplot_graph.sh；fastx_nucleotide_distribution_graph.sh
程序说明：顾名思义
备注：易用，推荐；帮助文件简明易懂

SolexaQA

主页：http://solexaqa.sourceforge.net/
下载：http://sourceforge.net/projects/ ... wnload?source=files
截图
程序：SolexaQA.pl
备注：易用，推荐；帮助文件清晰

Picard

主页：http://picard.sourceforge.net/
下载：http://sourceforge.net/projects/ ... wnload?source=files
常用程序：FastqToSam.jar；MeanQualityByCycle.jar；QualityScoreDistribution.jar；CollectGcBiasMetrics.jar；CollectInsertSizeMetrics.jar
备注：一般；帮助文件一般一般

FastQC

主页：http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/
下载：http://www.bioinformatics.babrah ... ownload.html#fastqc
手册
示例：
good_sequence_short_fastqc
bad_sequence_fastqc
备注：功能多，直观简便；貌似不错

PRINSEQ (PReprocessing and INformation of SEQuences)

主页：http://prinseq.sourceforge.net/
下载：http://sourceforge.net/projects/ ... wnload?source=files
FAQ
手册
备注：使用在线版对样本数据进行了测试，很好很强大！不过上传自己的数据绝对是个大问题！单机命令行版的，只能给出统计数据、无法直接输出统计图，而且非常耗系统资源；单机网页版的，没安装测试……