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做系统发育和DNA条形码研究,经常要用到串联几个序列,常用的方法是将序列按照按顺序排列,若出现缺失序列,则需要自己补齐,最后在mega等软件中连接。此方法适合少量数据,当面对条形码大量数据,且涉及的片段较多时,非常麻烦,常常出错,严重影响数据分析和研究者的耐性。
下面介绍利用phylotools程序包拼接序列。
install.library("phylotools")
library("ape")
matK<-choose.files() # 选择文件
matK.fasta<-read.fasta(matK) #读取文件
dat2phylip(matK.fasta,"matK.phy") #转换成phylip格式
#选择文件
matK.phy<-choose.files()
trnH_psbA.phy<-choose.files()
#利用phylotools软件包合并数据
#matK_trnH_psbA
supermat(infiles = c(matK.phy,trnH_psbA.phy),outfile="matK_trnH_psbA.phy",partition.file="matK_trnH_psbA.txt")
#转换fasta 格式
#matK_trnH_psbA
matK_trnH_psbA.phy<-choose.files() #选择文件
matK_trnH_psbA.phy<-read.phylip(matK_trnH_psbA.phy) # 读取文件
dat2fasta(matK_trnH_psbA.phy,"matk_trnH_psb.fasta") #转换为fasta格式
******************************分割线**************************
建议将所有序列的名字转换成简单的数字
supermat介绍可以用fasta格式直接拼接,但是个人试验效果不好,还是乖乖用phy格式。
感谢张金龙老师的创造发明!!
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GMT+8, 2024-12-12 18:19
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