孙明瑜教授团队在Frontiers in Immunology发表论文
一种新的预测结肠癌预后和免疫治疗的模型
近日，我院孙明瑜教授研究团队在《Frontiers in Immunology》（IF:8.786）在线发表了研究新成果，论文题为“Identification of a Novel Immune Landscape Signature for Predicting Prognosis and Response of Colon Cancer to Immunotherapy”。
该研究通过生信分析，整合公共数据库中结肠癌数据构建结肠癌免疫相关基因预后指数(IRGPI)，利用癌症基因组图谱(TCGA)结肠癌(n=521)数据，通过加权基因共表达网络分析鉴定了免疫相关中枢基因。并用基因表达综合数据集（GEO）中结肠癌数据（584例）进行了验证。阐明IRGPI定义的结肠癌的分子和免疫特征以及免疫检查点抑制剂（ICI）治疗的益处，为结肠癌的免疫治疗提供了研究线索。
基于差异分析、加权基因共表达网络、生存分析、单因素分析、COX回归分析等方法，最终筛选得到8个免疫治疗相关特征基因，构建IRGPI将样本分为高评分和低评分两组。对结肠癌样本用CIBERSORT算法进行肿瘤免疫浸润的计算，评估免疫微环境。IRGPI评分低的总生存率（OS）优于IRGPI评分高组。并在GEO队列中得到了较好的验证。IRGPI评分低的患者在抗肿瘤代谢方面更为丰富，静息记忆CD4 T细胞浸润率高，攻击性表型较低，从ICI治疗中获益更多。高IRGPI评分与细胞粘附分子、趋化因子信号通路、免疫抑制、更具侵袭性的结肠癌表型以及ICI治疗的疗效降低有关。研究开发了一种较可靠的免疫相关风险评分，可以预测结肠癌患者的OS和对ICI治疗的反应，在区分免疫和分子特征以及预测患者预后方面发挥了重要作用。
曙光医院2018级硕士研究生王铮和2019级博士研究生宋敬茹为本文共同第一作者，孙明瑜教授为通讯作者。该项目得到了上海市科委重大专项和上海市中医临床重点实验室的资助。
图2：WGCNA挖掘差异免疫基因模块
图3：IRGPI高、低评分组的肿瘤微环境景观
团队持续专注于消化和肿瘤疾病的研究。孙明瑜教授为清代御医黄元御第七代传人，传承于第六代传人孙洽熙教授，并拜国医大师刘嘉湘、熊继柏和朱南孙，名老中医陈湘君、郝万山和刘学文等教授为师。先后获得国家自然科学基金以及多项省部级项目的资助。已发表学术论文130余篇，SCI收录48篇。主编或副主编著作5部。荣获中国民族医药协会科技进步奖一等奖、教育部自然科学奖二等奖和中国中西医结合学会科技进步奖一等奖等。项目组现已建立中药防治慢性炎症、免疫和肿瘤疾病的筛选平台、临床样本库及生物信息数据库。
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