从核酸序列分析的角度看，分析的方法步骤主要是：

（1） 各种序列（包括要分析的序列和从网上数据库下载的序列）的前期处理：包括序列污染物的去除、序列的筛选、序列格式的转换等；

（2）核酸序列的基本分析：分子质量、碱基组成、碱基分布、序列变换、限制性酶切分析；

（3）核酸序列的定位；

（4）核酸的多序列比对及同源性分析、进化数的构建；

（5）ORF 分析；

（6）基因组序列中编码区/内含子结构分析；

（7）基因启动子及其他DNA调控位点分析；

（8）重复序列分析等。

从蛋白质序列分析的角度看，分析的方法步骤主要是： 

（1）蛋白质序列的检索；

（2）基本性质分析（包括疏水性分析、跨膜区分析，前导肽和蛋白质定位、卷曲螺旋分析）；

（3）蛋白质功能预测（同源性分析，功能结构域分析）；

（4）蛋白质结构预测（二级、三级结构预测。

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