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首先说论文署名的原则。作者名字出现在论文中的假设前提是作者对这篇论文的产出有实质性的贡献，比如提出科研点子、帮助设计实验、做实验、分析数据、写论文、修改论文、指导研究生等等。违反学术规范的是出现所谓“挂名作者”。挂名作者是没有对论文的产出有实质性贡献的人，比如导师的配偶、导师的领导、导师的孩子、研究生的对象等。出现挂名作者的原因主要是有利益诉求，比如导师的配偶需要这篇论文评职称、导师的孩子需要这篇论文得到荣誉和升学便利、研究生的对象或者同学需要这篇论文评奖学金等等。
一个常见的灰色地带是导师在修改论文时，授意研究生把和导师有合作关系的别的老师的名字加到作者名单中。之所以说这是“灰色地带”，是因为对这种情况，比较难界定是否违背学术规范。这要具体问题具体分析。比如，别的老师和这位导师当初曾一起申请这个课题的基金项目并成功获批。他虽然没有在研究生做课题的时候提供过指导，但最后认真修改研究生的这篇论文多次，那么他的署名是合理的，不算违规。而假设他前期没有任何付出，只是在论文写成之后“过目”了论文稿，那么这是不合理的。
论文的产出涉及和他人的合作，那么是否对论文有付出的他人都需要成为作者？举个例子：一个研究生产生一篇论文，需要文中样品的电子显微镜数据。他自己不会操作电子显微镜，只能请别人帮他操作。如果他把样品交给校内公共测试平台掌管电子显微镜的测试员获取电子显微镜数据，并且支付了测试费，那么他的论文可以不署测试员的名字。他把样品交给校外测试公司并支付了测试费，他的论文也可以不署校外测试员的名字。但如果他没有支付测试费，而是和测试员约定：测试是一种合作，将来会合作发表论文，那他的论文就要署测试员的名字。特别是有些电子显微镜（比如球差电子显微镜）比较高级，取得高质量的图像需要比较多的机时和比较好的操作技术，还需要分析数据，那么测试员有可能会要求以科研合作的形式开展测试。当然，也有的研究生需要获得电子显微镜数据，他的同学会操作仪器，提出可以帮他，只要他能提供一顿午餐，那么这位研究生写论文可以不署他同学的名字。
还有一个问题涉及署名的先后顺序。一般是具体执行研究的研究生排在第一位，导师作为通讯作者排在最后一位。如果涉及来自于不同课题组的几位导师合作，而且这几位导师都要求成为通讯作者，那么一般是对这篇论文起最为主导作用的导师的名字排在最后，起到次重要作用的导师的名字排在倒数第二。但也有例外，比如最最著名的导师排在最后“压阵”，次著名的导师排在倒数第二。具体怎么做，需要导师和导师之间协商确定。
其他研究生在一篇论文中也起了辅助作用，于是需要按照“从贡献大到贡献小”的顺序依次排序。一般而言，每个人的贡献并不难分清。但如果一时分不清各自的贡献，那么可以准备一张表格，第一栏写名字，第二栏写每个人在这篇论文中的贡献，第三栏写每个人对论文的图表提供了什么贡献。比如说，一篇论文有8张图，第一作者贡献了5张图，另一位作者贡献了2张图，还有一位作者贡献了1张图，根据贡献图的数量可以粗略判定各自的贡献。但是要注意：这只是粗略的判断，最终还要根据图对论文的重要性、获得图中数据的难易度以及作者在论文写作、修改等方面的贡献，确定署名的顺序。导师在论文署名排序方面起到“定夺”的作用。
一个常见的灰色地带是：一个课题组几位学生合作做了实验，每一位学生都提供了部分数据，其中一位学生起主要作用。但是在写论文期间，导师觉得这几位学生中当中有一位研三的学生快毕不了业了，就把论文第一作者的署名“给”了这位研三学生。这种情况并不少见。当叙述这种情况时，觉得自己吃亏的研究生也会从自己的角度出发抱怨遭遇了不公。分析这种情况时，要分清楚：在做实验时，A同学起到主要作用，但论文是A同学写的吗？如果论文也是A同学写的，那么他应该是第一作者。而如果导师分配B同学写了论文，那么B同学署名第一作者也无可厚非。而且，如果是后面一种情况，那么导师有可能会给出自己的解释：实验点子是导师想出的，导师安排了几个学生做实验，每个学生负责其中的一块实验，最终导师安排谁写论文，谁就是论文的第一作者。
此外，有时候还会碰到一个情况：一位学生写出了学位论文，并毕业了，但他留下了一篇尚未完成的稿件。有可能科研工作不完整，也有可能论文没有写好，需要花时间补充实验并修改论文。这时候，有的导师会让“后来者”接手前面这位学生的课题，帮前面这位学生补做实验、修改论文，前面这位学生还是署第一作者。但也有的时候，导师会让“后来者”署第一作者，因为如果不这么做的话，“后来者”没有积极性做这个事，而前面这位学生毕业后也不大可能回到学校做实验。这两种情况都是可以理解的，关键是导师需要和两位学生商量好，不要以后闹出矛盾。
那么，如果研究生写论文不带导师名字行吗？如果研究生写和自己课题无关的通俗文章，比如在《中国研究生》发表关于读研体会的文章，完全可以不带导师的名字。研究生写和导师分配的课题相关的科研论文，必须和导师商定论文署名。在很多学校，如果研究生写的科研论文没有导师署名，那么这篇论文将无法用于研究生申请毕业证和学位证。当导师同意研究生写论文不署导师名字时，学生才可以不署导师的名字，但是需事先了解这么做的风险。
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