水质污染问题一方面是由于人口的增加、密集化，流域的产业活动也变得活泼化；另一方，由于污染防治措施落后，来自河川、湖沼排出的污染负荷量急增，自然的净化功能不能发挥相对应的对策，导致污染现象表面化。
　　被污染的河川、湖沼的水质问题是发生的恶臭、恶化水生生物的栖息生存环境；并且，给生态系带来无生物化等的不良影响、不适合工业、农业、生活用水等，导致阻碍生活和产业经济活动和破坏环境。
　　再者，由于水质问题和因流水状况而发生的现象不同，即使在停滞水域，也会从固有的现象中产生问题。　
    水库湖和湖沼、河川里的堤坝上流停止水域等，虽然具有通过停止流速形成滞留而得到沉淀、消除悬浮颗粒物等净化功能，但是如果上流部有形成污染源的点源负荷的场合和由于流域的面源负荷含有氮、磷的水往停滞水域里供给的情况下，只要确保了太阳光和增殖时间，就会出现植物浮游生物的发生、富营养化现象的水质问题。
　　给湖沼等水质带来的影响有各种各样的原因，大致可以分为；来自流域流进的「外部负荷」、由于湖沼内的生物等原因的「内部负荷」、以及由于降雨等原因的「直接负荷」。
注释   外部负荷：流入河川和从下流域往湖沼等流入的负荷
             

 　　　 注释）外部负荷：流入河川以及下流域等流入湖沼的负荷
  　　　　　　内部负荷：来自底泥的溶出、在湖内的生物生产等的负荷
  　　　　　　直接负荷：由于湖面上的直接降雨以及湖内的养殖等的负荷。

                           也包括由于直接向湖沼等涌出的地下水而引起的负荷 
　　　　　　　点源负荷：可以特定污染物质排出点的负荷
　　　　　　　面源负荷：难以确定污染物质排出点，具有面很广的负荷

 

　　如果考虑到公共用水域的水质污染背景的话，可以举以下例子。

   ①因为封闭性水域的水是停留的，流进的污染物质很容易积存，其水质很敏感的受到污染负　荷的影响。这个影响，对于湖沼来说，和河水等的流水水域相比起来，显示出需要更先进　的水质保全措施。

   ②造成水质污染的原因，除了工厂等的产业系排水之外，还有生活系排水、畜产、水产业的　负荷等多种多样的因素。因此，为了保护湖沼的水资源，对于具有特定设施的工厂等大规　模的发生源实施排水规制，只有水质污染防止法的法律法规是不够健全的，和根据各种污　染原因取相应的措施相比起来，需要采取更具体的措施。

   ③水质污染很显著的水域，因为各个污染的程度、污染原因的构成等各种条件的不同，如果　用同样的措施来改善污染是很困难的。因此，考虑到有问题的每一个湖沼和其流域的自然　社会条件，探讨研究最适当的措施，需要计划与措施向结合的方法。

　　看关于发生源以外的污染负荷比例，通过水域可以观察到水质的区别，来自生活系统和产业系统等的点源负荷量虽然减少了，但是，来自市区和农业用地的流出所谓的面源负荷量的消减没有一点儿进展，来自面源的负荷量的比率具有增加的倾向。因此，削减来自面源的负荷量，成为新的挑战。