无公害食品（农产品）、绿色食品和有机食品（农产品）都是以环保、安全、健康为目标的食品（农产品），都重视农业的可持续发展，代表着未来食品（农产品）发展的方向。三者从基地到生产，从加工到上市都有着严格的标准要求，都依法实行标志管理，都是安全农产品的重要组成部分。绿色食品具有有机食品和无公害食品的特征，AA级绿色食品相当于有机食品，而A级绿色食品则为AA级绿色食品的过渡产品。不论是AA级绿色食品还是有机食品生产，均禁止使用基因工程技术。无公害农产品的质量水平和生产要求相当于A级绿色食品，可以看作是绿色食品的过渡产品。三者的区别主要表现在发展目标、质量水平、标准内容、生产资料使用要求、生产环境要求、病虫草害防治手段、标识与运作方式等方面。

1、发展动机和目标不同

无公害农产品的发展动机是立足于全面解决“餐桌污染”问题，建立放心基地，扶持放心企业，为消费者提供放心产品，解决农产品质量中的最基本安全问题，满足的是大众消费。绿色食品最初的发展动机是出口与内销兼顾，目标是提高生产水平，满足更高需求，增强市场竞争力；绿色食品的市场份额主要在大中城市部分高收入人群，同时也有一部分出口的市场份额。我国有机农产品最初是应国外贸易商的要求而生产的，其开发都严格与国外有机食品接轨，有的是与国外相关机构合作的，产品主要面向国际市场；有机是一个理性概念，注重保持良好生态环境，强调人与自然的和谐共生。

2、标准内容和要求水平不同

有机农产品标准具有国际性，要求比较高。无公害农产品标准要求比较低，更适合我国当前的农业生产发展水平，对于多数生产者来说，比较容易达到，也是农产品安全质量的基本要求。绿色食品比无公害农产品标准涉及的内容更丰富，标准要求更高些，例如，无公害农产品环境标准只对大气、土壤、灌溉水的污染指标作了规定，而绿色食品标准还对土壤肥力作了要求，对灌溉水中的大肠杆菌菌群数量也作了规定。

3、对生产资料和产品的要求内容不同

有机农产品更加注重生产过程，在其生产和加工中绝对禁止使用农药、化肥、激素、转基因等人工合成物质；无公害农产品和绿色食品（A级）允许有限制地使用限定的农药、化肥等人工合成的物质。

绿色食品和无公害农产品对终产品都有明确的质量与安全要求，有机农产品没有明确给出，只要求在检测时参照相关的卫生标准执行。绿色食品还特别强调产品的优质和营养的问题，有机农产品和无公害农产品未涉及这些。

4、对地块和土壤肥力来源的要求不同

有机农产品要求种植地块要明确、产量要确定，并严格规定了土地生产转型期，土地从生产常规农产品到生产有机农产品需要2~3年的转换期，有机生产系统与非有机生产系统之间要有界限明显的过渡地带（主要是考虑到某些物质在环境中会残留相当一段时间），绿色食品和无公害农产品生产没有这些要求。

有机农产品要求土壤肥力主要来源于有机生产系统内的有机物质和有机肥料，包括没有污染的绿肥和作物残体、泥炭、秸秆、海草和其他类似物质，以及经过堆积处理的食物和林业副产品等，还包括经过高温发酵的人粪尿和畜禽粪便等，系统外的有机肥料必须经过检验和认可。AA级绿色食品生产中的土壤肥力来源与有机食品相似，在尚不能满足需要的情况下，允许使用符合国家规定的商品肥料；A级绿色食品生产还允许使用有机氮与无机氮之比不超过1∶1的掺合肥。在无公害农产品生产中，土壤肥力主要来源于包括上述有机农产品、绿色食品生产允许使用的肥料种类，以及允许使用的其他肥料（包括化学肥料），但禁止使用未经国家或省级农业部门登记的化学或生物肥料。

5、对病虫草害的防治手段要求不同

有机农产品生产中病虫草害的主要防治手段包括作物轮作以及各种物理、生物和生态措施，如人工诱杀害虫、自然天敌平衡、田园清理、生物防治、促进生物多样性等。绿色食品生产中病虫草害的主要防治手段是在生产过程中不使用或限量使用限定的化学合成农药（强调安全间隔期），积极采用物理方法、生物防治技术及产品与栽培技术措施等。无公害农产品生产中病虫草害的主要防治手段是除有机农产品、绿色食品生产中病虫草害的防治措施外，提倡生物防治和使用生物生化农药防治，允许使用高效、低毒、低残留农药，但每种有机合成农药在一种作物的生长期内要避免重复使用。

6、产品标识与认证方式不同

有机农产品标识因国家和认证机构的不同而不同，每一个国家和认证机构都有一个自己的有机农产品标识。但为便于消费者对获证有机产品身份的识别，国家质量监督检验检疫总局在2010年修订的《有机产品认证管理办法》中规定，按照国家《有机产品》标准认证的获证产品上，禁止使用除国家统一有机认证标志外的任何有机产品认证标志。绿色食品标识在我国是统一的，也是惟一的，它是由中国绿色食品发展中心制定并在国家工商局注册的质量认证商标。无公害农产品采用由农业部和国家认证认可监督管理委员会联合制定的全国统一的标志，全国统一监督管理，县级以上地方主管部门分工负责。

无公害农产品由政府运作，实行公益性认证；认证标志、程序和产品目录等由政府统一发布；产地认定与产品认证相结合。绿色食品采取政府推动、市场运作，质量认证与商标转让相结合。无公害农产品和绿色食品均是检查检测并重，注重产品质量。有机认证主要是按照国际通行的做法，实行检查员制度，国外通常只进行检查；国内一般以检查为主，检测为辅，注重生产方式和过程；有机认证是社会化的经营性认证行为，因地制宜，按照市场规则运作。绿色食品对每个（类）产品都要进行认证，有机农产品只要农场或生产基地通过有机认证，该地块生产出来的所有产品都可被认作有机农产品。