［有时通过构建进化树的软件获得进化树后，软件不会对进化树是有根树，还是无根树做说明。在不做额外编写脚本的基础上，其实可以直接从newick文件的内容格式上区分有根树和无根树］

假设有下面三种形式的进化树：

[1] (a, b, c);      无根树

[2] (a, b, c):1;   有根树

[3] ((a,b),c);      有根树

除第一种形式的进化树外，其它两种形式的进化树都是有根树。R语言对有根树、无根树的判断是：

• 如果最外层大括号内只有两个分枝，即为有根树，如[3]；

• 如果最外层大括号内有三个或以上分枝，一般为无根树，如[1]；

• 但是，如果大括号外存在枝长参数，如[2]中的:1，这种情况认为三个分枝以一定的枝长连接到根上，为有根树。

我想通过上述三个例子，可以先看最外层是否有枝长参数，再数一下最外层括号下有几个分枝，即可简单地、直接地判断目前绝大多数获得的newick格式的进化树是有根树，还是无根树。

参考资料：

The Newick tree format (http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/newicktree.html)

Analysis of Phylogenetics and Evolution with R, By Emmanuel Paradis, Springer Science & Business Media, 25 Nov 2006, Page 49-51 (http://www.springer.com/us/book/9781461417422)

相关内容：

2014-11-18. 李雷廷. 将有根树转换为无根树. http://blog.sciencenet.cn/blog-656335-844443.html

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