genotyping常用，备忘。

方案一：

http://signal.salk.edu/tdnaprimers.2.html

 

在数据框中输入突变体的SALK号，选择submit 即可获得引物序列和相关信息。

 

方案二：

如果signal salk 给出的引物不合适，可以自行设计。

1查询T-DNA的插入方向

 

http://signal.salk.edu/cgi-bin/tdnaexpress

 

输入基因号，找到对应SALK号，即可知道T-DNA插入方向

 

2 T-DNA插入位点

signal salk 给出的引物信息中会有T-DNA插入位点坐标，设坐标为X

 

3 引物设计

推荐NCBI的primer blast

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/index.cgi?LINK_LOC=BlastHome

 

在“Enter accession, gi, or FASTA sequence”数据框中输入拟南芥染色体的gi 号，拟南芥染色体与gi 号对应如下。

 

1	332189094
2	330250293
3	332640072
4	332656411
5	332002898

 

在“Range”中 Forward Primer 为 From： X－1000， To： X

reverse primer 为 From：X，To：X+1000

 

在“PCR product size”选择产物长度为300-1000

Organism 选择 Arabidopsis thaliana or taxid:3702

Database选择 Genome (reference assembly from selected organisms)

 

点击Get primers 选项

 

转载本文请联系原作者获取授权，同时请注明本文来自王雅琼科学网博客。
链接地址：https://wap.sciencenet.cn/blog-644236-500236.html

上一篇：可爱的对话