NWChem MPI 运行配置(以hpmpi 为例)
2009-2-12 13:36
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1,cluster 的配置类似本博客MS4的配置
主要为:开通 nfs, rsh, rlogin, rexec, 于主节点 node1,建立文件 /etc/hosts /etc/hosts.equiv ./.rhosts
2,hpmpi会结合lam来运行,需要先配置lam,
修改文件:/etc/lam/lam_bhost.def 为:
192.168.0.1 cpu=2 (似乎此处只能用IP,不能用localhost)
node2 cpu=2
node3 cpu=2
3,启动lam。
运行命令lamboot
若默认使用ssh,则需做第4步,否则使用rsh直接跳到第5步。
4,设置让node1 用ssh登陆 node2, node3 时不提示密码。
4.1 运行: ssh-keygen -t dsa
4.2 运行: cd $HOME/.ssh
4.3 运行: cd id_dsa.pub authorized_keys
4.4 运行: ssh node2 和 ssh node3 分别生成密钥文件于 known_hosts文件中。
4.5 运行: eval 'ssh-agent'
ssh-add $HOME/.ssh/id_dsa
4.5 运行: lamboot
5,测试:
mpirun -np 6 nwchem temp.nw
或:
nwchem -np 6 temp.nw
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