陈新
R/Bioconductor与转录组数据分析(1)
2018-12-1 12:07
阅读:5962
标签:转录组数据分析

一、各种安装:

重要:R语言中是严格区分大小写的!

安装包package的CRAN镜像站:可以选China(Lanzhou)[https]。

1、安装R,https://cran.rstudio.com/,目前的版本是3.5.1,安装后在R或RStudio启动时会显示,R的各种包对版本的要求比较严格,要留意。

2、R中有类似于SPSS的界面:Rcmdr,通过菜单方式操作,但我在macOS Sierra 10.12.6和Windows 10中没有安装成功,其它的可以试试。

3、安装RStudio,https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/#download

Free部分已经完全够用了,感谢RStudio的开发人员!

4、Bioconductor包的安装,http://www.bioconductor.org/install/

现在Bioconductor包的安装方式有所改变,是:

if (!requireNamespace("BiocManager"))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install()
BiocManager::install() <- 括弧里是要安装的包的名称,如果是留空,表示安装核心包。

网站的说明:

Install Bioconductor Packages

To install core packages, type the following in an R command window:

if (!requireNamespace("BiocManager"))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install()

Install specific packages, e.g., “GenomicFeatures” and “AnnotationDbi”, with

BiocManager::install(c("GenomicFeatures", "AnnotationDbi"))

后面还有其它说明,如查看已经安装的包,更新包,etc。


#最适合于还阅读本文的初学者的一本书《R常见问题解答》

R常见问题解答.pdf

二、RStudio简介(to be continued)

转载本文请联系原作者获取授权,同时请注明本文来自陈新科学网博客。

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