LncRNADisease v3.0：lncRNA-疾病关系数据库更新版 

非编码RNA最初被认为是转录噪声，随着多种技术的进步，这一观点已经被推翻。长链非编码RNA (long non-coding RNA, lncRNA)作为一类长度超过200nt的非编码RNA，参与多种生物学过程，如染色质重塑、通过与表观遗传调控复合物相互作用调控DNA和RNA修饰、转录和转录后水平调控。相应地，lncRNA的失调与多种疾病广泛相关，包括癌症、心血管疾病、内分泌系统疾病等。系统地整理这些知识可以极大地促进lncRNA作为生物标志物或疾病治疗靶点的发展。为此，LncRNADisease于2012年6月成立，并于2018年6月发布了后续版本，该版本手动分级了> 10000个实验支持的lncRNA-疾病关联关系，并提供了一个用户友好的web服务器来获取lncRNA及其相关疾病的注释。 

得益于RNA测序技术的进步，lncRNA与疾病之间关联的证据仍在迅速增加。例如，包括MALAT1、NEAT1和DANCR在内的一系列lncRNA在COVID-19感染期间参与免疫反应或炎症过程已被报道。值得注意的是，近年来，研究环状RNA(circRNA)及其与疾病的关联的研究数量呈指数级增长。环状RNA具有闭环结构。此外，关注ncRNA与疾病因果关系的无数研究是可利用的，这有可能加速我们对lncRNA在发病机制中的作用的理解。因此，有必要整合新的lncRNA和疾病关联，以推进基于lncRNA/circRNA的治疗。本次，介绍介绍一下LncRNADisease v3.0（图1）。首先，LncRNADisease v3.0收集了25,440个实验支持的lncRNA/circRNA-疾病关联条目，涵盖6066个lncRNA、10732个circRNA和566种疾病，比上一个版本增加了2倍以上的条目。然后，将所有关联归纳为两类，即一般关联和因果关联。此外，还提供了与潜在临床应用的关联。 LncRNADisease v3.0可以从http://www.rnanut.net/lncrnadisease/免费获得。 

图1 LncRNADisease v3.0数据库概览。(A) LncRNADisease v3.0工作原理图。(B)每年lncRNA/circRNA与疾病关联条目的数量，以及因果关联的数量。(C) LncRNADisease v3.0与其他类似数据库的比较。(D) lncRNA-disease条目和circRNA-disease条目中疾病类别的分布，其中疾病类别由MeSH数据库的疾病层次确定 

参考文献

[1] Lin X, Lu Y, Zhang C, Cui Q, Tang YD, Ji X, Cui C. LncRNADisease v3.0: an updated database of long non-coding RNA-associated diseases. Nucleic Acids Res. 2023 Oct 11:gkad828. doi: 10.1093/nar/gkad828. 

以往推荐如下：

1. 分子生物标志物数据库MarkerDB

2. 细胞标志物数据库CellMarker 2.0

3. 细胞发育轨迹数据库CellTracer

4. 人类细胞互作数据库：CITEdb

5. ​EMT标记物数据库：EMTome

6. EMT基因数据库：dbEMT

7. ​EMT基因调控数据库：EMTRegulome

8. RNA与疾病关系数据库：RNADisease v4.0

9. RNA修饰关联的读出、擦除、写入蛋白靶标数据库：RM2Target

10. 非编码RNA与免疫关系数据库：RNA2Immune

11. 值得关注的宝藏数据库：CNCB-NGDC

12. 免疫信号通路关联的调控子数据库：ImmReg

13. 利用药物转录组图谱探索中药药理活性成分平台：ITCM

14. AgeAnno：人类衰老单细胞注释知识库

15. 细菌必需非编码RNA资源：DBEncRNA

16. 细胞标志物数据库：singleCellBase

17. ​实验验证型人类miRNA-mRNA互作数据库综述

18. 肿瘤免疫治疗基因表达资源：TIGER

19. 基因组、药物基因组和免疫基因组水平基因集癌症分析平台：GSCA

20. 首个全面的耐药性信息景观：DRESIS

21. 生物信息资源平台：bio.tools

22. 研究资源识别门户：RRID

23. 包含细胞上下文信息的细胞互作数据库：CCIDB

24. HMDD 4.0：miRNA-疾病实验验证关系数据库