细菌必需非编码RNA资源：DBEncRNA 

必须非编码RNA（essential ncRNA）的概念来源于必须基因（essential gene），它指的是生物体生存所必不可少的ncRNA。在原核生物细菌中，必需ncRNA可 以作为药物开发的潜在靶标，以降低致病菌的耐药性。针对抗菌药物靶标发现和药物设计需求，细菌必须ncRNA数据库DBEncRNA（图1，http://yeyn.group:86/）应运而生。 

图1 DBEncRNA数据库 

DBEncRNA数据库包含20株细菌中的884条必需ncRNA序列及相关信息。新月柄杆菌(Caulobacter crescentus) 的必需ncRNA数目（532）占近61%，鲍氏不动杆菌(Acinetobacter baumannii ATCC 17 978)的必需ncRNA数目（60）占近7%。对细菌必须ncRNA感兴趣的，可以查看DBEncRNA数据库的数据信息，尤其是可以使用序列比对预测必需ncRNA。 

表1 DBEncRNA数据库内数据信息

参考文献

[1] YE Yuannong, LIANG Dingfa, ZENG Zhu. DBEncRNA：Database of Bacterial Essential ncRNA[J]. Journal of University of Electronic Science and Technology of China, 2022, 51(3): 348-352. doi: 10.12178/1001-0548.2021389 

以往推荐如下：

1. 分子生物标志物数据库MarkerDB

2. 细胞标志物数据库CellMarker 2.0

3. 细胞发育轨迹数据库CellTracer

4. 人类细胞互作数据库：CITEdb

5. ​EMT标记物数据库：EMTome

6. EMT基因数据库：dbEMT

7. ​EMT基因调控数据库：EMTRegulome

8. RNA与疾病关系数据库：RNADisease v4.0

9. RNA修饰关联的读出、擦除、写入蛋白靶标数据库：RM2Target

10. 非编码RNA与免疫关系数据库：RNA2Immune

11. 值得关注的宝藏数据库：CNCB-NGDC

12. 免疫信号通路关联的调控子数据库：ImmReg

13. 利用药物转录组图谱探索中药药理活性成分平台：ITCM

14. AgeAnno：人类衰老单细胞注释知识库

转载本文请联系原作者获取授权，同时请注明本文来自张俊鹏科学网博客。

链接地址：https://wap.sciencenet.cn/blog-571917-1382771.html?mobile=1

收藏

分享