LncRNA富集分析工具：LncSEA
关于基因集富集分析（Gene Set Enrichment Analysis，GSEA），本公众号已经介绍了好几款使用的工具。例如，关于编码基因，已经介绍了clusterProfiler工具（miRNA富集分析之clusterProfiler）。关于非编码基因，介绍了miRNA集富集工具TAM（miRNA富集分析之TAM）、miRPath（miRNA富集分析之miRPath）、miEAA（miRNA富集分析之miEAA）和wTAM（带有权重的miRNA富集分析工具：wTAM）。除了miRNA，非编码基因还包括lncRNA、piRNA、circRNA等。本次介绍一款非常实用的lncRNA集富集工具LncSEA（图1，http://bio.liclab.net/LncSEA/）。
图1 LncSEA主页
LncSEA支持18个类别和66个子类别的40,000多个lncRNA参考集，覆盖50,000 个lncRNA。LncSEA不仅基于下游调控数据收集lncRNA集，而且还基于上游转录因子和DNA调控元件收集lncRNA集。与此同时，LncSEA还支持lncRNA注释和富集分析。特别地，在富集分析部分（图2），LncSEA支持18个功能类别（Disease、Drug、MicroRNA、Cancer Phenotype、Enhancer、Super Enhancer、Accessible Chromatin、Cell Marker、Subcellular Localization、Cancer Hallmark、Transcription Factor、Methylation Pattern、RNA Binding Protein、Survival、SmORF、Exosome、eQTL、 Conservation）的富集分析。
图2 LncSEA数据收集和用户界面
整体来说，LncSEA覆盖的功能类别还是相当全面的，但是没有GO、KEGG和Reactome等大家比较熟悉的功能类别。如果对此感兴趣，可以先识别lncRNA集的靶基因，然后使用clusterProfiler工具（miRNA富集分析之clusterProfiler）可以解决。
参考文献
[1] Chen J, Zhang J, Gao Y, et al. LncSEA: a platform for long non-coding RNA related sets and enrichment analysis. Nucleic Acids Res. 2021;49(D1):D969-D980. doi:10.1093/nar/gkaa806
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