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LncRNA富集分析工具:LncSEA

已有 1636 次阅读 2023-1-17 16:41 |个人分类:科普|系统分类:科普集锦

LncRNA富集分析工具:LncSEA

 关于基因集富集分析(Gene Set Enrichment AnalysisGSEA),本公众号已经介绍了好几款使用的工具。例如,关于编码基因,已经介绍了clusterProfiler工具(miRNA富集分析之clusterProfiler)。关于非编码基因,介绍了miRNA集富集工具TAMmiRNA富集分析之TAM)、miRPathmiRNA富集分析之miRPath)、miEAAmiRNA富集分析之miEAA)和wTAM带有权重的miRNA富集分析工具:wTAM)。除了miRNA,非编码基因还包括lncRNApiRNAcircRNA等。本次介绍一款非常实用的lncRNA集富集工具LncSEA(图1http://bio.liclab.net/LncSEA/)。

 

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1 LncSEA主页

 

LncSEA支持18个类别和66个子类别的40,000多个lncRNA参考集,覆盖50,000 lncRNALncSEA不仅基于下游调控数据收集lncRNA集,而且还基于上游转录因子和DNA调控元件收集lncRNA集。与此同时,LncSEA还支持lncRNA注释和富集分析。特别地,在富集分析部分(图2),LncSEA支持18个功能类别(DiseaseDrugMicroRNACancer PhenotypeEnhancerSuper EnhancerAccessible ChromatinCell MarkerSubcellular LocalizationCancer HallmarkTranscription FactorMethylation PatternRNA Binding ProteinSurvivalSmORFExosomeeQTL Conservation)的富集分析。

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2 LncSEA数据收集和用户界面

 

整体来说,LncSEA覆盖的功能类别还是相当全面的,但是没有GOKEGGReactome等大家比较熟悉的功能类别。如果对此感兴趣,可以先识别lncRNA集的靶基因,然后使用clusterProfiler工具(miRNA富集分析之clusterProfiler)可以解决。

 

参考文献

[1] Chen J, Zhang J, Gao Y, et al. LncSEA: a platform for long non-coding RNA related sets and enrichment analysis. Nucleic Acids Res. 2021;49(D1):D969-D980. doi:10.1093/nar/gkaa806

 

以往推荐如下:

1. 细胞特异性因果调控网络识别

2. 因果推理综述推荐一篇

3. miRNA活性识别之因果推理方法

4. miRNA协作之因果推理方法

5. 你想了解因果推理吗?

6. 因果学习工具:Causal ExplorerCausal Learner

7. 小样本学习

8. 样本异质性定量化

9. 生物标志物定义及其应用

10. 分子生物标志物数据库MarkerDB

11. 细胞标志物数据库CellMarker 2.0

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13. miRNA靶基因预测工具:“我们到了哪里,又该往哪去?”

14. 人类细胞互作数据库:CITEdb

15. 单细胞数据中数据特异性差异表达基因识别

16. EMT标记物数据库:EMTome

17. EMT基因数据库:dbEMT

18. EMT基因调控数据库:EMTRegulome

19. RNA与疾病关系数据库:RNADisease v4.0

20. 细胞互作网络识别方法:CINS

21. 带有权重的miRNA富集分析工具:wTAM

 

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