EMT基因调控数据库：EMT-Regulome

在前两次，分别介绍了EMT标记物数据库EMTome和EMT基因数据库dbEMT（分别参见EMT标记物数据库：EMTome和EMT基因数据库：dbEMT）。以往研究表明， EMT受多个基因调控。那么，EMT相关的基因调控关系、基元（motifs）和网络又是怎样的呢？本次介绍一个EMT基因调控数据库EMT- Regulome（图1，http://www.medsysbio.org/EMTRegulome）。

图1 EMT-Regulome主页

EMT-Regulome数据库依赖于其他许多调控关系数据库，例如EMT基因数据库dbEMT、miRNA-基因调控关系数据库、miRNA-lncRNA调控关系数据库、TF-基因调控关系数据库、TF-miRNA调控关系数据库和TF-lncRNA调控关系数据库。基于所收集的数据库资源，识别10种类型的3-基元（图2）。这些3-基元中至少有一个基因（编码基因、TF、miRNA或lncRNA）与EMT相关，才被认为是EMT相关的3-基元。

图2 EMT-Regulome数据库构建流程图

EMT-Regulome仅仅专注于识别3-基元，如果是对某一种类型的3-基元感兴趣（例如后续验证），可以保留那些全部基因都与EMT相关的3-基元。当然，这些数据库资源也可用于识别EMT相关的4-基元（包含编码基因、TF、miRNA或lncRNA四种元素），例如TF->miRNA-|Gene<-lncRNA、TF|-miRNA-|Gene<-lncRNA或TF->miRNA-|lncRNA->Gene。

参考文献

[1] Zhao Z, Zhou W, Han Y, et al. EMT-Regulome: a database for EMT-related regulatory interactions, motifs and network. Cell Death Dis. 2017;8(6):e2872. doi:10.1038/cddis.2017.267

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