EMT基因数据库：dbEMT

在上次，已经介绍了EMT（Epithelial-Mesenchymal Transition）标记物数据库（参见​EMT标记物数据库：EMTome），本次介绍一个比较早的与EMT相关的基因数据库dbEMT（图1，http://dbemt.bioinfo-minzhao.org/index.html），已经更新为2.0版本了。

图1 dbEMT2.0主页

2015年dbEMT第一版本发布，该数据库资源包含了377条EMT关联的基因信息。随着EMT研究的不断深入，2019年发布的dbEMT第二版本，并收集了1184条EMT关联的基因信息。与第一版本不同的是，dbEMT第二版本不仅收集了EMT关联的编码基因（1011个），而且还包含了EMT关联的非编码基因（173个，例如miRNA和lncRNA）。

作为一个案例，dbEMT 2.0发现16个EMT关联的转运蛋白基因与癌症转移密切关联（图2B），能够显著区分不同TCGA样本组别（图2C），并且它们在不同癌症中呈现不同的突变类型（图2D）。

如果想研究EMT关联的基因功能，可以使用dbEMT 2.0数据库作为先验信息。

图2 16个EMT关联的转运蛋白基因分析结果

参考文献

[1] Zhao M, Kong L, Liu Y, Qu H. dbEMT: an epithelial-mesenchymal transition associated gene resource. Sci Rep. 2015;5:11459.

[2] Zhao M, Liu Y, Zheng C, Qu H. dbEMT 2.0: An updated database for epithelial-mesenchymal transition genes with experimentally verified information and precalculated regulation information for cancer metastasis. J Genet Genomics. 2019;46(12):595-597. doi:10.1016/j.jgg.2019.11.010

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