EMT标记物数据库：EMTome

EMT（Epithelial-Mesenchymal Transition）为上皮细胞-间充质细胞转换生物过程，该生物过程与恶性肿瘤的发生、发展和恶化紧密相关。在前面的文章中，已经知道miRNA也参与EMT过程（参见miRNA与EMT）以及介绍了调控EMT过程的许多调控因子（参见​EMT，你怎么那么多调控因子！）。本次介绍一个EMT标记物数据库：EMTome（www.emtome.org，图1）。

图1 EMTome主页

EMTome数据库（图2）包含EMT基因标签、不同癌症类型中EMT关联基因、EMT关联基因（miRNAs、转录因子和蛋白质）的相互作用、TCGA数据中识别的免疫谱、EMT标记物关联的临床效果。

图2 EMTome数据库架构和资源

值得注意的是，至少3个基因才能被认为是一个EMT标记物。EMTome从文献中搜集了84个EMT标记物，标记物内基因集大小从3到593不等，平均基因集大小为33。此外，EMT标记物内的基因全部为EMT关联基因。其他非EMT标记物内的EMT关联基因，通过“EMT和Cancer”进一步检索，最终EMTome收集了1153个EMT关联基因。

总之，如果想研究EMT与恶性肿瘤或癌症之间关系，EMTome是一个不错的数据库资源。

参考文献

[1] Vasaikar SV, Deshmukh AP, den Hollander P, et al. EMTome: a resource for pan-cancer analysis of epithelial-mesenchymal transition genes and signatures. Br J Cancer. 2021;124(1):259-269. doi:10.1038/s41416-020-01178-9

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