张俊鹏
人类细胞互作数据库:CITEdb
2022-12-5 09:11
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人类细胞互作数据库:CITEdb

 

细胞是多细胞生物的基本单元,它们相互协作共同实现生物的生理功能。细胞互作或通讯的研究将扩宽和加深理解细胞的运作模式。关于细胞互作或通讯,在前面已经对其基本概念(参见生物组织内细胞通讯)和一体化的推理框架(参见细胞通讯推理框架)进行了介绍。本次将介绍一个细胞互作或通讯数据库:CITEdb(图1)。

 

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1 CITEdb文献

 

CITEdb数据库的收集是基于文献检索,物种局限于人类,互作或通讯关系在细胞类型层次水平。因此,里面的728细胞互作或通讯数据是实验验证型,具有高可置信度。有些细胞互作或通讯关系能够被多个实验所验证,有些则比较少。例如,epithelia细胞类型与hematopoletic细胞类型互作或通讯的实验证据就比较多(图2)。

 

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2 细胞互作或通讯网络可视化图

 

那么,CITEdb数据库有什么用?第一个用处是可以快速知道那些细胞互作或通讯与生物过程相关,例如研究者想知道与免疫相应(immune response)相关的细胞互作或通讯,只需检索CITEdb数据库即可。另外,第二个用处是CITEdb数据库可以用来测试新的细胞互作或通讯识别方法的性能(图3)。

 

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3 细胞互作或通讯识别方法性能比较

 

参考文献

[1] Shan N, Lu Y, Guo H, et al. CITEdb: a manually curated database of cell-cell interactions in human. Bioinformatics. 2022; 38(22): 5144-5148. doi:10.1093/bioinformatics/btac654

 

以往推荐如下:

1. 细胞特异性因果调控网络识别

2. 因果推理综述推荐一篇

3. miRNA活性识别之因果推理方法

4. miRNA协作之因果推理方法

5. 你想了解因果推理吗?

6. 因果学习工具:Causal ExplorerCausal Learner

7. 小样本学习

8. 样本异质性定量化

9. 生物标志物定义及其应用

10. 分子生物标志物数据库MarkerDB

11. 细胞标志物数据库CellMarker 2.0

12. 细胞发育轨迹数据库CellTracer

13. miRNA靶基因预测工具:“我们到了哪里,又该往哪去?”

 

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