张俊鹏
VOSviewer:文献图谱可视化
2022-1-24 12:15
阅读:3573

写在前面

科学文献太多,收集起来之后都是PDF文档。现在想要弄清楚这些PDF文献之间的关系,怎么办?给定一个研究者,想知道该研究者与哪些研究者有合作关系?抑或,想知道某个杂志与哪些杂志有引文关系?这些关系共同构成了图谱网络,如何产生和可视化这些图谱网络呢?本次就说一下文献图谱可视化软件:VOSviewer(图1https://www.vosviewer.com/)。

 

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1 VOSviewer主页

 

01

内容

VOSviewer是一个构建和可视化文献计量网络的软件工具,由莱顿大学(Leiden University)团队开发,它可构建和可视化三个实体(杂志、研究者和文献)间的关系网络。这些关系网络的构建主要基于引文、文献耦合、共引或者共同作者关系。当然,VOSviewer还提供文本挖掘的功能,该功能可以用于构建和可视化科学文献提取出来的重要术语间共生网络。由于是独立免费软件并且用户指南比较详细,因此就没有必要在这里赘述详细用法。下载链接:https://www.vosviewer.com/download,用户指南:https://www.vosviewer.com/documentation/Manual_VOSviewer_1.6.17.pdf。大家可以按照用户指南的一手信息步骤构建和可视化自己的文献图谱,这里只是抛砖引玉。

 

 

02

案例

VOSviewer构建网络的方法是计量学领域的通用方法,所构建网络的可视化效果还是挺好看的。下面就是VOSviewer展示的五个案例(图2-6),这些图按照自己的需求可以很容易产生。

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2 2007-2010年莱顿大学研究领域影响力图谱

 

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3 不同杂志共引网络

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4 条目密度可视化

 

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5 条目共生网络

 

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6 研究者文献耦合网络

 

后话

很多时候,使用VOSviewer就是想了解一下自己关心的三个实体(杂志、研究者和文献)间的关系,结果图可以作为了解自己所在研究领域的引子。甚至有些结果图还为学科交叉可能性提供借鉴与参考。

 

参考文献与链接:

[1] Perianes-Rodriguez, A., Waltman, L., & Van Eck, N.J. (2016). Constructing bibliometric networks: A comparison between full and fractional counting. Journal of Informetrics, 10(4), 1178-1195.

[2] Van Eck, N.J., & Waltman, L. (2010). Software survey: VOSviewer, a computer program for bibliometric mapping. Scientometrics, 84(2), 523-538.

[3] Van Eck, N.J., & Waltman, L. (2011). Text mining and visualization using VOSviewer. ISSI Newsletter, 7(3), 50-54.

[4] Van Eck, N.J., & Waltman, L. (2014). Visualizing bibliometric networks. In Y. Ding, R. Rousseau, & D. Wolfram (Eds.), Measuring scholarly impact: Methods and practice (pp. 285-320). Springer.

[5] https://www.vosviewer.com/

 

更多背景知识如下:

1. 因果推理综述推荐一篇

2. 生物学家的机器学习指南

3. 基础模型的机遇与风险

4. 一份单细胞数据分析教程

5. R/Shiny交互式生物Web应用程序

 

号外,为了便于交流,我们为miRNA介导的ceRNA研究在Frontiers in Molecular Biosciences杂志( 2020_IF = 5.246)整了个专刊,主题为“Computational Identification of ceRNA Regulation”。投稿链接:https://www.frontiersin.org/research-topics/24340/

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