张俊鹏
R/Shiny交互式生物Web应用程序
2022-1-20 10:25
阅读:1686

写在前面

存储、可视化和分析生物数据的交互式生物Web应用程序是生物信息学领域的一个重要课题。在生物数据分析和生物信息学领域,R是最受欢迎的编程语言之一。然而,在Shiny工具包被RStudio公司于2012年开发之前,R用户搭建交互式Web应用程序面临不小的挑战。Shiny通过将R代码编译成HTMLCSSJava脚本代码,使得生物信息学R用户甚至非程序员搭建交互式Web应用程序变得极其方便。本次就回顾一下基于R/Shiny开发的交互式生物Web应用程序(图1)。

 

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1 R/Shiny交互式生物Web应用程序综述论文

 

01

内容

截止20217月份,有470多个交互式生物Web应用程序使用R/Shiny进行开发(图2)。综述论文《Development of interactive biological web applications with R/Shiny》围绕基于R/Shiny的交互式生物Web应用程序发展,阐述内容主要包括基于R/Shiny构建的交互式生物Web应用程序取得的成绩、搭建一个R/Shiny应用程序的基本步骤、搭建R/Shiny应用程序的界面和服务所需要的通用R工具包、在云端部署R/Shiny应用程序以及R/Shiny在线资源。

 

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2 基于R/Shiny的交互式生物Web应用程序开发情况

 

02

基于R/Shiny的交互式生物Web应用程序

该综述还提供了一个简单的实例引导用户基于R/Shiny搭建交互式生物Web应用程序(图3)。图形界面(图3A)出现的侧栏面板和主面板对应的代码区域(图3C和图3D)也被详细指出,里面尤其强调了两个脚本文件(ui.Rserver.R)的重要性。具体的步骤,可以参见该综述或者Shiny主页(https://shiny.rstudio.com/)。

 

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3一个基于R/Shiny的交互式生物Web应用程序的结构和工作流程

 

后话

交互式生物Web应用程序面对的对象是普通用户,尤其是非程序员,最重要的特点是用户友好。然而,设计用户友好的交互式生物Web应用程序,需要不断的打磨图形界面和实现功能。

 

参考文献与链接:

[1] Jia L, Yao W, Jiang Y, et al. Development of interactive biological web applications with R/Shiny. Brief Bioinform. 2021;bbab415. doi:10.1093/bib/bbab415

[2] https://github.com/venyao/shinyReview

[3] https://shiny.rstudio.com/

 

更多背景知识如下:

1. 因果推理综述推荐一篇

2. 生物学家的机器学习指南

3. 基础模型的机遇与风险

4. 一份单细胞数据分析教程

 

号外,为了便于交流,我们为miRNA介导的ceRNA研究在Frontiers in Molecular Biosciences杂志( 2020_IF = 5.246)整了个专刊,主题为“Computational Identification of ceRNA Regulation”。投稿链接:https://www.frontiersin.org/research-topics/24340/

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