张俊鹏
miRNA与EMT
2021-11-25 09:33
阅读:970

写在前面

在前面,我们关注了miRNA与人类疾病相关的数据库(miRNA与人类疾病)以及miRNA靶基因与人类疾病相关的数据库(miRNA靶基因与人类疾病)。这次,我们特别关注miRNA参与一个生物过程EMTEpithelial-Mesenchymal Transition)的情况。 

01

EMT

EMT中文翻译为上皮细胞-间充质细胞转换,它有个可逆过程:间充质细胞-上皮细胞转换(Mesenchymal-Epithelial Transition,简称MET)。EMT是生命科学领域的研究热点和难点,为了它还专门成立了一个协会TEMTIAThe EMT International Associationhttps://temtia.org/)。该协会两年举办一次EMT研究相关的会议,今年20211214-17日即将举办一场虚拟会议(图1)。

 

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1 TEMTIA及其虚拟会议页面

 

那么,EMT为什么如此重要和火热?这得从它的定义和生物学功能说起。首先,它是在细胞行为中产生一个非常复杂变化的总称,并且涉及许多基因的差异表达以及许多细胞与细胞外的分子功能变化。它产生的结果是:处于连续层的细胞(上皮细胞)转变成更加独立和运动状态的细胞(间充质细胞)。如图2所示,EMT生物过程往往伴随着MET生物过程,其过渡的细胞类型为亚稳定细胞(Metastable Cell)。EMT可以在生长、伤口愈合以及诸如转移和纤维化的病理中发生。在癌症中,EMT的特征已经在乳腺癌、卵巢癌、结肠癌和肺癌等模型中发现。

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2 EMTMET示意图 

 

02

miRNAEMT关联的数据库

哪些miRNAEMT相关是大家比较关心的问题。同样地,单独检索文献费时费力。这里直接推荐已构建好的数据库给大家。该数据库为dbEMT(图3http://dbemt.bioinfo-minzhao.org/)。目前,dbEMT通过PubMed文献数据库中收集了1184个与EMT相关的基因(1011个编码基因和173个非编码基因)。其中,173个非编码基因中就包含了miRNAs。想了解EMT相关的miRNAs,直接搜索dbEMT即可。

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 3 dbEMT主页

 

后话

EMT生物过程已经研究了20多年。随着基因测序技术发展,EMT研究的维度和范围还将继续拓展。

 

参考文献:

[1] Yang J, Antin P, Berx G, et al. Guidelines and definitions for research on epithelial-mesenchymal transition. Nat Rev Mol Cell Biol. 2020;21(6):341-352. doi:10.1038/s41580-020-0237-9

[2] Zhao M, Liu Y, Zheng C, Qu H. dbEMT 2.0: An updated database for epithelial-mesenchymal transition genes with experimentally verified information and precalculated regulation information for cancer metastasis. J Genet Genomics. 2019;46(12):595-597. doi:10.1016/j.jgg.2019.11.010

 

更多背景知识如下:

1. miRNA是何方神圣?

2. What?植物miRNA能够调控动物靶基因?

3. miRNA也走非主流路线!

4. Tools4miRs:只为miRNA分析

5. miRNA序列与表达谱数据库

6. miRNA有个DIANA系列

7. miRNA富集分析之miRPath

8. miRNA富集分析之TAM

9. miRNA富集分析之miEAA

10. miRNA富集分析之clusterProfiler

11.miRNA靶基因识别

12. miRNA靶基因识别:下一步

13. miRNA靶基因之实验验证型数据库

14. miRNA靶基因之预测型数据库

15. miRNA靶基因之综合型数据库

16. miRNA靶基因之miRLAB

17. miRNA靶基因之miRBaseConverter

18. miRNATF互为调控

19. miRNA与人类疾病

20. miRNA靶基因与人类疾病

 

号外,ceRNA可是miRNA介导的哦。为了便于交流,我们为miRNA介导的ceRNA研究在Frontiers in Molecular Biosciences杂志( 2020_IF = 5.246)整了个专刊,主题为“Computational Identification of ceRNA Regulation”。投稿链接:https://www.frontiersin.org/research-topics/24340/。

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