张俊鹏
通路分析软件推荐一款
2021-11-13 08:12
阅读:1425

写在前面

在生物学里,通路通常指信号通路。常见的信号通路数据库有KEGGhttps://www.kegg.jp/)和Reactomehttps://reactome.org/)。我们也不用把信号通路想得很特殊,其实微观的信号通路跟宏观的交通路是类似的。交通路的要塞对应信号通路的关键分子,每条道路就代表不同分子间的作用关系。针对已有分子,KEGGReactome已经绘制了信号通路的图谱。但是,如果我们想知道部分分子(包括蛋白质,基因)或感兴趣分子在信号通路图谱中的作用或功能,那么就需要通路分析了。这次就介绍一款商业性通路分析软件:IPAIngenuity Pathway Analysis)。

 

01

IPA

IPA(图1https://digitalinsights.qiagen.com/products-overview/discovery-insights-portfolio/analysis-and-visualization/qiagen-ipa/)是一款商业软件。使用教育网邮箱(edu后缀)可以申请免费试用两周IPA软件。该商业软件还被NIHNational Institutes of Health, https://www.nihlibrary.nih.gov/resources/tools)收纳为实用工具。其具体介绍如下:

IPA is a web-based bioinformatics application that allows researchers to upload data analysis results from high-throughput experiments such as microarray and next generation sequencing for functional analyze, integration, and further understanding. This includes both microarray and RNA-Seq gene expression, miRNA, SNP, metabolomics, and proteomics data. In general, lists of genes or chemicals can be analyzed using IPA. It also has a search capability for information on genes, proteins, chemicals, and drugs and allows interactive building of networks to represent biological systems.

 

简单理解就是,IPA能够帮助用户理解和分析数据,这种理解是通过构建分子信号通路的方式。

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1 IPA主页

 

02

IPA案例

IPA做通路分析是以交互构建网络的形式来开展,不同形状代表不同生物分子,整个通路图直观和美观。感兴趣的分子会以不同颜色进行标注,这样方便用户查看自己感兴趣分子的作用和功能。例如,图2展示了不同分子之间的互作关系网络图(我自己试用生成的),图3展示了冠状病毒的病理通路图(从细胞外->细胞质->细胞核的信号通路)。

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2 基于IPA的分子互作网络

 

 

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3 基于IPA的冠状病毒的病理通路

 

后话

IPA不仅能辅助做纯生物信息分析,而且还能够做药物信息分析。当然,也是整合多种数据源分析的可靠工具。感兴趣的话,可以注册进行两周的试用。Enjoy it

 

参考文献:

[1] Krämer A, Green J, Pollard J Jr, Tugendreich S. Causal analysis approaches in Ingenuity Pathway Analysis. Bioinformatics. 2014;30(4):523-530. doi:10.1093/bioinformatics/btt703

  

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