张俊鹏
miRNA靶基因之miRBaseConverter
2021-11-9 09:30
阅读:995

写在前面

当使用异构数据源识别miRNA基因时,可能会遇到miRNA名称不一致的问题。例如,有些数据库中的miRNA版本比较低,但是有些数据库中miRNA又是最新版本。因此,在整合多种异构数据源之前,首先要将miRNA名称一致化。为了将miRNA名称一致化,这次就介绍一下R工具包miRBaseConverterhttps://bioconductor.org/packages/miRBaseConverter/)。

 

01

miRBaseConverter

miRBaseConverter(图1)不仅能将miRNA名称一致化,而且还能检索miRBase数据库不同版本的miRNA信息(存储号、序列、版本号以及家族信息等)。关于miRNA名称一致化,miRBaseConverter提供三板斧(寻找miRNA名称在miRBase数据库中的最匹配版本、miRNA名称转化为miRNA存储号、miRNA存储号转化为miRNA最新或者用户指定版本号)。详细指导见http://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/miRBaseConverter/inst/doc/miRBaseConverter-vignette.html

 

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1 miRBaseConverter主页

 

02

miRBaseConverter功能

如图2所示,miRBaseConverter主要有四大功能模块:miRNA检查模块、miRNA转化模块、miRNA信息系检索模块以及miRBase在线检索模块。每个模块的详细用法,这里只是抛砖引玉一下,因此不详细介绍了。详细用法见http://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/miRBaseConverter/inst/doc/miRBaseConverter-vignette.html

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2 miRBaseConverter功能模块

后话

miRBaseConverter工具包在用方面还是比较容易的,几行代码就实现miRNA版本号一致化,其他功能也就一个函数。Enjoy it

 

参考文献:

[1]. Xu T, Su N, Liu L, et al. miRBaseConverter: an R/Bioconductor package for converting and retrieving miRNA name, accession, sequence and family information in different versions of miRBase. BMC Bioinformatics. 2018;19(Suppl 19):514.

 

 

更多背景知识如下:

1. miRNA是何方神圣?

2. What?植物miRNA能够调控动物靶基因?

3. miRNA也走非主流路线!

4. Tools4miRs:只为miRNA分析

5. miRNA序列与表达谱数据库

6. miRNA有个DIANA系列

7. miRNA富集分析之miRPath

8. miRNA富集分析之TAM

9. miRNA富集分析之miEAA

10. miRNA富集分析之clusterProfiler

11. miRNA靶基因识别

12. miRNA靶基因识别:下一步

13. miRNA靶基因之实验验证型数据库

14. miRNA靶基因之预测型数据库

15. miRNA靶基因之综合型数据库

16. miRNA靶基因之miRLAB

 

号外,ceRNA可是miRNA介导的哦。为了便于交流,我们为miRNA介导的ceRNA研究在Frontiers in Molecular Biosciences杂志( 2020_IF = 5.246)整了个专刊,主题为“Computational Identification of ceRNA Regulation”。投稿链接:https://www.frontiersin.org/research-topics/24340/

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