写在前面

当使用异构数据源识别miRNA基因时，可能会遇到miRNA名称不一致的问题。例如，有些数据库中的miRNA版本比较低，但是有些数据库中miRNA又是最新版本。因此，在整合多种异构数据源之前，首先要将miRNA名称一致化。为了将miRNA名称一致化，这次就介绍一下R工具包miRBaseConverter（https://bioconductor.org/packages/miRBaseConverter/）。

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miRBaseConverter

miRBaseConverter（图1）不仅能将miRNA名称一致化，而且还能检索miRBase数据库不同版本的miRNA信息（存储号、序列、版本号以及家族信息等）。关于miRNA名称一致化，miRBaseConverter提供三板斧（寻找miRNA名称在miRBase数据库中的最匹配版本、miRNA名称转化为miRNA存储号、miRNA存储号转化为miRNA最新或者用户指定版本号）。详细指导见http://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/miRBaseConverter/inst/doc/miRBaseConverter-vignette.html。

图1 miRBaseConverter主页

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miRBaseConverter功能

如图2所示，miRBaseConverter主要有四大功能模块：miRNA检查模块、miRNA转化模块、miRNA信息系检索模块以及miRBase在线检索模块。每个模块的详细用法，这里只是抛砖引玉一下，因此不详细介绍了。详细用法见http://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/miRBaseConverter/inst/doc/miRBaseConverter-vignette.html。

图2 miRBaseConverter功能模块

后话

miRBaseConverter工具包在用方面还是比较容易的，几行代码就实现miRNA版本号一致化，其他功能也就一个函数。Enjoy it！

参考文献：

[1]. Xu T, Su N, Liu L, et al. miRBaseConverter: an R/Bioconductor package for converting and retrieving miRNA name, accession, sequence and family information in different versions of miRBase. BMC Bioinformatics. 2018;19(Suppl 19):514.

更多背景知识如下：

1. ​miRNA是何方神圣？

2. ​What？植物miRNA能够调控动物靶基因？

3. miRNA也走非主流路线！

4. Tools4miRs：只为miRNA分析

5. miRNA序列与表达谱数据库

6. miRNA有个DIANA系列

7. miRNA富集分析之miRPath

8. miRNA富集分析之TAM

9. miRNA富集分析之miEAA

10. miRNA富集分析之clusterProfiler

11. ​miRNA靶基因识别

12. ​miRNA靶基因识别：下一步

13. miRNA靶基因之实验验证型数据库

14. ​miRNA靶基因之预测型数据库

15. miRNA靶基因之综合型数据库

16. miRNA靶基因之miRLAB

号外，ceRNA可是miRNA介导的哦。为了便于交流，我们为miRNA介导的ceRNA研究在Frontiers in Molecular Biosciences杂志（ 2020_IF = 5.246）整了个专刊，主题为“Computational Identification of ceRNA Regulation”。投稿链接：https://www.frontiersin.org/research-topics/24340/。

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