尽管元气和原子分别被东方和西方学者认定为世界的究极本原，属于客观的物质存在，但对这种本原的认识却迥然相异。东方贤哲认为气是“无形”的（小到没有具体形态）、连续性的物质；其内容没有空隙，外部没有清晰的边界，本身又有阴阳之分（阴气、阳气）。元气就是阴阳混一之气，而阴阳两气间也无“毫发断处”。各种有形的具体事物（肉眼所见的种种有具体形态的物体）都是“气”聚合而成的（“气聚而有形”），人体亦不例处（“气聚则生，气散则亡”）；物体之间的空间（“虚空”）也充满着“气”；只不过其间的气处于“弥散”状态；有形物体并无不可入性，“气”还可出入其间，使粗看上去互不相干的万物通过“气”的中介而成为互有联系的整体；故有“通天下一气耳”，“大千世界，一气牵系”等命题。气聚合成有形之物事，又可复归于弥散状态，故有形物体与无形虚空之间还有着相互转化的关系，它们只是气的不同存在形式而已（“太虚不能无气，气不能不聚而为万物，万物不能不散而为太虚。循是出入，是皆不得已而然也”）。就是这些观点，勾勒出中国人对物质世界的总的看法，也决定着医学家的基本认识。

持原子论的西方学者认为各种物体是由一种最小的、不能再分的物质微粒组成的，这种物质微粒称作“原子”。它们肉眼难以见到，但具有一定的形态结构（“有形”），有着一定的性质和重量。不同事物的性质特点是由组成它的原子在形态结构和性质等方面的不同所造成的。因此，要弄清事物的本质，只有借助“还原”，了解组成它的基本物质单位——原子的结构和性质特点，舍此便别无他途。这就是统治着西方科学界的基本信念。这种信念促使科学家们不断深入物质内部，孜孜不倦地“找到”最基本的物质单位，从而揭示了微观世界一幕幕诱人的实情。科学（也包括医学）就在这种不断深化的“探微寻源”过程中得以发展。就中医而言，它的发展标志就是从细胞到蛋白质，到大分子，到亚微和超微结构......。然而，这一基本信念也带来了一些矛盾。例子如，坚持万物的本原是一类有形的实体，就必须同时假定它的种类是有限的。而无限的宇宙物体和有限的万物本原之间就产生了尖锐的矛盾。其次，“原子”既然是形态固定的，它所组成的事物内部必定是绝对连续、不可分割的（即由原子一个挨一个排列而成的）；而外部边界则是清晰的，与其他事物绝对间断，没有联系。由这种原子集结而成的，只能是一个个孤立独存的实体；而两个事物之间则又是绝对的“无”，什么也没有。“宇宙就是许多物体和虚空”（伊壁鸠鲁）。因此，原子论自然观中存在着原子内部（也包括它所组成的事物之内部）绝对的连续性与原子间（包括所组成的事物之间）绝对的间断性之矛盾。基此，西方哲学也就表现出强调物质的不可入性这一特征。正是由于肯定了世界本原具有固定形态，这种形态决定着万物的特点，因此，西方文化户肇始之初便于工作有注重结构，强调还原分析的传统。

   元气论认为：气本身具有运动变化的属性，这是源自其内在两种势力（阴阳）的不断消长与转化。作为万物本原的不是不可毁灭之原子，而是不断改变存在形式的震荡无垠的“气海”。无形之气产翻了一番有形万物，万物又复归于气。这是物质连续性和间断性相互转化的过程，它表现出事物的变迁转化。气的永恒不灭性就体现在这一永无休止的转化过程中。就气的具体运动形式言，有升降、出入、吸引、排斥等，由气组成的事物也就都有着类似的二重运动特属性。气的内部阴阳的孰主孰次，孰强孰弱，决定着该时该记得的运动特点，也影响着它所组成的具体物体的运动特性。中国传统文化借此来解释整个自然界的千变万化。由于这些变化都涉及到气的变化，故古代贤哲用“气化”这概念来概括自然界的种种变化及其机理。气化（气的运动变化）源自自身的阴阳矛盾运动。这咱运动观闪烁着辩证思维的灵光。又因于虚空和有形物体只是气的不同存在形式，它们之间可相互转化；物质是连续性和间断性的辩证统一；气可渗入有形物体之间，不同的远距离事物之间可借助虚空中的“气”为中介，相互感应激荡，故万物连接成一个息息相通的整体。这种自然观必然敦促人们注重对世界总体及同事物之间的联系性、协调性等的观察研究，而并不鼓励和认同人们对事物内在结构及具体细节的探讨分析。因为气是无形的，研究气之“形”是徒劳无益的。中医学之所以始终淡漠形态研究和解剖分析，自然观方面冥冥中的导向作用自是主要因缘。