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利用PyMOL制作反应势能面示意动画
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2013-04-18 10:43:35 发布图片
2013-11-14 21:18:18 增加教程
2016-09-07 20:17:18 颜色映射
利用PyMOL内置的OpenGL制作了势能面反应的示意图, 具体制作过程容后再讲.
PyMOL是基于Python的分子可视化软件, 在结构生物学中使用十分广泛. 它的主要特色是对生物大分子显示效果好, 并自带一个高效的光线追踪渲染器, 能渲染出逼真的效果. 此外, PyMOL还支持脚本, 可用于精确控制显示, 并提供了一个基本的OpenGL的接口, 以便用户进行一些简单的三维动画设计.
三维建模软件有很多, 不同的软件适用于不同的领域. 最基础的如OpenGL之类, 需要你利用最基本的图元和场景选项一点一点地构建出整个场景. POV-Ray之类则侧重于光线追踪渲染, 并集成了许多可用的模型与场景, 更高级一些. Blender之类则是更通用更专业的三维建模软件, 并非专用于分子建模与可视化. 这样看起来, PyMOL算是处于OpenGL和Blender中间, 集成了POV-Ray的部分功能, 专门用于分子可视化的. 建模时它可以实时可视化, 调试很分方便, 因此对于一些简单的应用很合适.
PyMOL中, 三维模型被称作CGO(Compiled Graphics Objects), 可在其中引用一些OpenGL基本图元. 使用方法和OpenGL很类似, 但由于调用是基于Python的, 所以比直接使用OpenGL简单一些.
下面说说上面两个动画的制作方法.
首先我们需要一个二维势能面的模型. 这个模型最好能够具有一般势能面的特点, 并且包含各类驻点, 如极大点, 极小点, 鞍点. 这就要求势能面上至少有两个极大点. 经过比较, 我发现二元函数 F(x,y)=sinxx+sinyy 满足要求. 但此函数为周期函数, 所以最好加上一个线性项去掉周期性, 并适当调整大小. 最终我用的函数是 <span class="MathJax" id="MathJax-Element-2-Frame" tabindex="0" data-mathml="<math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">F<mo stretchy="false">(x,y<mo stretchy="false">)=4<mo stretchy="false">(<mrow class="MJX-TeXAtom-ORD">sin⁡xx+<mrow class="MJX-TeXAtom-ORD">sin⁡yy<mo stretchy="false">)+0.1x" role="presentation" style="margin:0px;padding:0px;display:inline;line-height:normal;text-align:left;word-spacing:normal;word-wrap:normal;float:none;direction:ltr;max-width:none;max-height:none;min-width:0px;min-height:0px;border:0px;position:relative;">F(x,y)=4(sinxx+sinyy)+0.1x.
确定了势能函数的解析式就可以创建势能曲面了. 方法是最基本的剖分, 用三角面片对整个区间进行剖分, 再将剖分所得的三角面片组合起来. 值得注意的是剖分的方向和三角面片的法向.
至于曲面上球体运动的模拟, 可利用简单的线性步长方法. 若需要更加真实的效果, 则可利用分子动力学中的Verlet积分方法进行计算.
使用方法运行代码: run PESdemo.py
背景设为白色: bg white
设定光线追踪: set ray_trace_frames=1
输出png图片: mpng PESdemo
渲染好的图片将输出为PESdemoXXXX.png, XXXX为编号. 利用这些图片就可以制作成动画.
支持动画的图片格式目前主要两种:
gif 最常用的, 大家也最熟悉. 各种软件支持最好, 算是通用格式. 可惜只有256色, 失真有时很严重, 特别是对光线追踪渲染过的图片.
apng 基于png的动画图片, 效果等同于png. 可惜目前浏览器支持不广, 尚未得到png官方承认.
下面两个图就是这两种格式的对比
更具体的信息可参考下面的网文:
如果你要使用其他颜色映射方案的话, 可参考我的另一篇博文几种颜色映射方案的解析式.
代码| PESdemo.py | |
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188 | # coding: utf-8# ############################################################################### 2013-11-14 10:25:11 简单示例# 2016-09-07 20:23:18 注释, 颜色映射# ##############################################################################importmathfrompymolimport cmd
frompymol.cgoimport*# 势能面函数defFxy(x,y):
if x==0: Fx =4else: Fx =4*math.sin(x)/x+.1*x
if y==0: Fy =4else: Fy =4*math.sin(y)/y
return Fx+Fy
# 势能面函数法向defdFxy(x,y):
if x==0: dFx =0else: dFx =4*(x*math.cos(x)-math.sin(x))/x**2+0.1if y==0: dFy =0else: dFy =4*(y*math.cos(y)-math.sin(y))/y**2
Rtmp =1/math.sqrt(dFx*dFx+dFy*dFy+1)
return-dFx*Rtmp, -dFy*Rtmp, Rtmp
defRGB(V, Vmin, Vmax):
dV=Vmax-Vmin; x=(V-Vmin)/dV
r=1; g=1; b=1if x<0.25: r =0; g =4*x
elif x<0.50: r =0; b =2-4*x
elif x<0.75: r =4*x-2; b =0else: g =4-4*x; b =0
r=min(max(r,0), 1)
g=min(max(g,0) ,1)
b=min(max(b,0) ,1)
return r, g, b
# 是否使用法向, 显示网格, 颜色映射, 使用Verlet方法计算轨迹
YesNorm=1; YesGrid=1; YesMap=0; YesTrj=1
Xini =4.5# 小球初始位置
Xmin =-7; Xmax =5.5; dX =.5; Nx =int((Xmax-Xmin)/dX)
Ymin =-7; Ymax =7; dY =.5; Ny =int((Ymax-Ymin)/dY)
X = [ 0for i inrange(Nx) ]
Y = [ 0for j inrange(Ny) ]
Z = [ [0]*Ny for i inrange(Nx) ]
Zx= [ [0]*Ny for i inrange(Nx) ]
Zy= [ [0]*Ny for i inrange(Nx) ]
Zz= [ [1]*Ny for i inrange(Nx) ]
for i inrange(Nx): X[i] = Xmin+dX*i
for j inrange(Ny): Y[j] = Ymin+dY*j
for i inrange(Nx):
x=X[i]
for j inrange(Ny):
y=Y[j]
Z[i][j] = Fxy(x,y)
if YesNorm: Zx[i][j], Zy[i][j], Zz[i][j] = dFxy(x,y)
# 获取极值, 用于颜色映射
Zmin=min(min(Z)); Zmax=max(max(Z))
PES = []
# 绘制网格if YesGrid:
PES.extend( [ COLOR, 0, 0, 0 ] )
for i inrange(Nx):
PES.extend( [ BEGIN, LINE_STRIP ] )
for j inrange(0,Ny):
PES.extend( [ NORMAL, Zx[i][j], Zy[i][j], Zz[i][j] ] )
PES.extend( [ VERTEX, X[i], Y[j], Z[i][j] ] )
PES.append( END )
for j inrange(Ny):
PES.extend( [ BEGIN, LINE_STRIP ] )
for i inrange(Nx):
PES.extend( [ NORMAL, Zx[i][j], Zy[i][j], Zz[i][j] ] )
PES.extend( [ VERTEX, X[i], Y[j], Z[i][j] ] )
PES.append( END )
# 绘制表面
PES.extend( [ COLOR, .19, .6, .83 ] )
for j inrange(Ny-1):
PES.extend( [ BEGIN, TRIANGLE_STRIP ] )
for i inrange(Nx):
if YesMap:
r, g, b=RGB(Z[i][j+1], Zmin, Zmax)
PES.extend( [ COLOR, r, g, b ] )
PES.extend( [ NORMAL, Zx[i][j+1], Zy[i][j+1], Zz[i][j+1] ] )
PES.extend( [ VERTEX, X[i], Y[j+1], Z[i][j+1] ] )
if YesMap:
r, g, b=RGB(Z[i][j], Zmin, Zmax)
PES.extend( [ COLOR, r, g, b ] )
PES.extend( [ NORMAL, Zx[i][j], Zy[i][j], Zz[i][j] ] )
PES.extend( [ VERTEX, X[i], Y[j], Z[i][j] ] )
PES.append( END )
# 绘制路径
PES.extend( [ LINEWIDTH, 5 ] )
PES.extend( [ BEGIN, LINE_STRIP ] )
PES.extend( [ COLOR, 1., 0., .0 ] )
x =-Xini; y =-Xini
while y<=Xini:
z = Fxy(x,y)
dFx, dFy, dFz = dFxy(x,y)
PES.extend( [ NORMAL, dFx, dFy, dFz ] )
PES.extend( [ VERTEX, x, y, z ] )
y = y+0.1
PES.append( END )
PES.extend( [ BEGIN, LINE_STRIP] )
PES.extend( [ COLOR, 0, 1., .0 ] )
x =-Xini; y =-Xini
while x<=Xini:
z = Fxy(x,y)
dFx, dFy, dFz = dFxy(x,y)
PES.extend( [ NORMAL, dFx, dFy, dFz ] )
PES.extend( [ VERTEX, x, y, z ] )
x = x+0.1
PES.append( END )
# 绘制小球
x =-Xini; y =-Xini; z = Fxy(x,y)
PES.extend ( [ COLOR, 1, 1, 0 ] )
PES.extend ( [ SPHERE, x, y, z, .2 ] )
x =-Xini; y = Xini; z = Fxy(x,y)
PES.extend ( [ COLOR, 1, 0, 0 ] )
PES.extend ( [ SPHERE, x, y, z, .2 ] )
x = Xini; y =-Xini; z = Fxy(x,y)
PES.extend ( [ COLOR, 0, 1, 0 ] )
PES.extend ( [ SPHERE, x, y, z, .2 ] )
cmd.load_cgo(PES, 'PES')
# 模拟小球运行
Rsph =0.5ifnot YesTrj:
x =-Xini
for Ifrm inrange(30):
y =-Xini+Ifrm*0.3; z = Fxy(x,y)
dFx, dFy, dFz = dFxy(x,y)
SYS = [ COLOR, 1, 1-Ifrm/30., 0 ]
SYS.extend( [ SPHERE, x+Rsph*dFx, y+Rsph*dFy, z+Rsph*dFz, Rsph ] )
cmd.load_cgo(SYS, 'SYS', Ifrm)
y =-Xini
for Ifrm inrange(30):
x =-Xini+Ifrm*0.3; z = Fxy(x,y)
dFx, dFy, dFz = dFxy(x,y)
SYS = [ COLOR, 1-Ifrm/30., 1, 0 ]
SYS.extend( [ SPHERE, x+Rsph*dFx, y+Rsph*dFy, z+Rsph*dFz, Rsph ] )
cmd.load_cgo(SYS, 'SYS', Ifrm+30)
else:
# 初始位置和速度
x =-Xini; y=-Xini
vx =3.28; vy =0; Nfrm=130
vx =0; vy =3.15; Nfrm=120
dt =0.05; E0 =0.5*(vx*vx+vy*vy)+Fxy(x,y)
dFx0, dFy0, dFz0 = dFxy(x,y)
for Ifrm inrange(Nfrm):
SYS = [ COLOR, 1, 1, 1 ]
x = x + (vx +0.5*dFx0*dt)*dt;
y = y + (vy +0.5*dFy0*dt)*dt;
z = Fxy(x,y)
dFx, dFy, dFz = dFxy(x,y)
SYS.extend( [ SPHERE, x+Rsph*dFx, y+Rsph*dFy, z+Rsph*dFz, Rsph ] )
cmd.load_cgo(SYS, 'SYS', Ifrm)
vx = vx+0.5*(dFx0+dFx)*dt
vy = vy+0.5*(dFy0+dFy)*dt
E =0.5*(vx*vx+vy*vy)
Rtmp = math.sqrt(2.*abs(E0-z)/(vx*vx+vy*vy))
vx = vx*Rtmp; vy = vy*Rtmp
dFx0, dFy0 = dFx, dFy
cmd.reset()
cmd.zoom('PES', 1.0)
cmd.clip('far', -10.0)
cmd.turn('z', 30)
cmd.turn('x', -60)
cmd.mplay() |
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