H7N9最新进展-- 序列变异 （2）
禽流感有8个基因，分别是HA，NA，M（编码M1和M2蛋白），PA，NP，NS（编码NS1和NEP （NS2）蛋白），PB1，PB2，其中HA和NA是膜蛋白，而另外6个位于核内，称为核内基因。
我们的最新研究工作
先前我们的工作发现核内基因快速重配（1）。随着更多的H7N9被测序，我们使用了36株进行序列分析，包括替换率，平均dN/dS分析，M基因位点分析。
我们的结果是HA和NA的替换率不是最高，而是NP和M2，核内基因替换率高. 进一步分析发现，核内基因替换率高可能是由于重配导致的。
接着对这些基因的dN/dS分析发现，NS1最高，达到1.3左右。初步的规律是没有重配的基因的dN/dS偏高，而重配的偏低。但是由于没有重配基因的替换率低，尽管dN/dS偏高，导致氨基酸变化还是不多。而有重配的，尽管替换率高，但是dN/dS低，导致编码氨基酸位置也不多。
我们主要对M基因的位点进行了分析。M基因分成了两支（Major 和Minor lineages），其中M1基因在这两支上的主要突变都是同义突变，而M2基因的主要变异位点少，但是在Major分支上有两个位点变异导致了其编码氨基酸发生了变化。见下面附图。
（1）Liangsheng Zhang, Zhenguo Zhang, ZhipingWeng. Rapid reassortmentof internal genes in avian influenza A H7N9 virus. Clinical Infectious DiseasesJune 20, 2013 doi:10.1093/cid/cit414
（2）Liangsheng Zhang, Zhenguo Z, Zhiping Weng, Weifeng Shi.Thesubstitution rates of the internal genes in the novel avian H7N9 influenzaClinical Infectious DiseasesJuly2, 2013 doi:10.1093/cid/cit447
Clin Infect Dis.-2013-Zhang-cid_cit447.pdf
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