不知何所往，不知何所归

转座元件存在于几乎所有的生物体内，它们像幽灵一样出现，又随意在基因组内复制、迁移，是自私的入侵者，还是孤独的流浪者？

Barbara McClintock默默发表着自己关于转座元件的论文，苦苦等待了学界二十余年才获得诺贝尔奖。然而这么多年过去，我们仅仅只是认识到转座元件的存在，看到并不等于理解，这些异于基因的外来者出现的意义究竟是什么？或者说，它们真的有存在的意义么？

归本溯源，根据转座方式的不同，我们大体可将TE分成两类：

1. 反转录转座子（retrotransposons），其转座机制类似于拷贝粘贴（copy and paste）：首先从DNA转录成RNA，然后再反转录回DNA，插入到基因组的新位置上，其中反转录过程需要反转录酶。进一步又可分为三类：一类是长末端重复的转座元件（LTRs），自身编码反转录酶，特性类似与反转录病毒；第二类是长散在元件（LINEs），自身编译反转录酶，但是缺少长末端重复，该类元件由RNA聚合酶II转录；第三类是短散在元件（SINEs），自身不编译反转录酶，由RNA聚合酶III转录。

2. DNA转座子（DNA transposons），机制类似于剪切粘贴（cut and paste），没有RNA作为中间体，而是需要转座酶的参与，要注意一些转座酶存在位点特异性。转座酶会切出粘性末端，DNA转座子因而连接至靶位点，随后由DNA聚合酶修复位点。如果上述过程发生在细胞周期S期，DNA转座子位点已被复制而靶位点未复制时，就会产生转座子的重复。值得注意的是，已发现部分转座子可将自身直接复制到靶位点，如helitron。

转座看上去是一件奇怪的事情，就像一群陌生人进到自家小院儿里跑来跑去，到底图什么？进来之后又怎么生存下去？大家说基因是自私的，我们把概念扩大一点，也许每一种特殊的序列元件自身都带着偏执的自我意识，要求扩张、要求延续。看着这些不知何时进入基因组的TE，其足迹分布就显得别有意味。一些伪装成基因组的必要元件，比如起到表达调控功能，一些则倾向于整合进基因荒漠区以隐藏自己。所谓适者生存，物种如此，TE也是一样，在基因组漫长的进化历程中，不同TE的进入和延续，都形成各自不同的体系。

生存还是毁灭，从来都不是问题，因为作为观察者，我们只是看到了适者生存。灭亡的是生命形式的其他可能性，其机制、体系都已无从考证，只有化石存世聊以记录落寞的过往。TE呢？是否也在基因组内留下化石印记？基因组内隐藏的信息太多，TE将是重要突破的一环。

原文链接https://wenlongshen.github.io/2017/12/21/Transposable-Elements/