基于微生物组的疗法已有数百年的历史。最早的记录出现在公元4世纪的中国，当时使用了一种粪便微生物群(faecal microbiota transplants,FMTs)的方法来治疗食物中毒和腹泻（图1）。然而，直到2012年和2013年，才发表了第一项使用粪便微生物群移植（FMTs）治疗代谢综合征和复发性艰难梭菌感染（recurrent Clostridioides difficile infection，rCDI）的随机对照临床试验（randomized controlled clinical trial，RCT）（图1）。
图1 临床实践和研究中FMT的演变。时间线描述了基于FMT的治疗历史和不同疾病的关键临床研究
Clin Microbiol Rev.2024 Jun 13;37(2):e0006022
01 第一代LBPs ：FMT及其产品
Pribyl等人将获得的人源活菌生物治疗产品（live biotherapeutic products，LBPs）分为三代。FMT及其产品定义为LBPs第一代。用于FMT的产品定义为粪便微生物群产品（faecal microbiota products，FMPs）。
美国食品药品局（FDA）将LBPs定义为“一种含有活微生物的生物产品，用于预防、治疗或治愈疾病或状况，且不是疫苗”。
FDA将FMPs定义为“由健康捐赠的人粪便（粪便）制备并给予另一名个体的产品” 传统处方益生菌不在此范围内，因为它们通常不走药物开发路线，而且通常缺乏临床有效性的证据。
2012年之后，包括Seres Therapeutics、Rebiotix和OpenBiome在内的多家初创公司开始对FMPs的研究进行标准化和商业化，这导致了一系列FMPs的开发，主要集中在特定的供体材料上，并且不仅使用灌肠法，还使用了口服胶囊进行递送。后来，包括Caelus、EnteroBiotix、MaaT Pharma、Seres Therapeutics和Xbiome在内的公司将这一研究扩展到多种临床适应症（图1，表1）。
表1 临床开发中的人体肠道来源的第一代LBPs研发路径
Nat Microbiol. 2025 Jan 8 doi: 10.1038/s41564-024-01896-3.
02 微生物组导向疗法
Sorbara和Pamer将基于微生物组的疗法分为5类（图2）。将其中的FMT 作为“全肠道微生物组替代”（whole gut microbiome replacement）策略，原因是FMT的复杂和多变性使其难以精确描述其功能，并在不同的疾病背景下评估其临床有效性和安全性。
Fig. 2基于微生物组的治疗分类
微生物组在宿主健康中的关键作用引起了学术界和新老公司对开发旨在选择性恢复或促进微生物群有益功能治疗药物的极大兴趣。目前正在研究实现这一目标的各种方法，包括粪便微生物群移植、补充益生元、转移共生微生物群落或工程株，以及直接提供微生物群来源的蛋白质和代谢物。
Nat Rev Microbiolvolume 20, pages365–380 (2022)
03 FMTs和FMPs的成功与失败
艰难梭状芽胞杆菌是一种产生孢子的病原体，它表达的毒素会引起一系列症状，包括腹泻、腹痛发烧和白细胞计数增加。多达三分之一的艰难梭状芽胞杆菌病例对抗生素耐药并成为反复感染。FMTs和FMPs在治疗rCDI方面取得了成功，观察到的初始临床缓解率超过90%。
FDA于2022年11月批准了Ferring的基于灌肠的FMP（Rebyota；最初由Rebiot开发）和Seres Therapeutics的基于口服胶囊的FMP（Vowst）。2023年4月批准用于预防rCDI（表1）。
同月，澳大利亚治疗用品管理局批准了BiomeBank的基于肠的FMP Biomictra用于“在管理胃肠道疾病中恢复肠道微生物群”。
2023年初 Finch Therapeutics由于试验招募和资金困难，停止了其用于rCDI的基于口服胶囊的FMP（CP101）的3期。
Seres Therapeutics开发了一种基于口服胶囊的FMP，SER-287，用于治疗轻度至中度的溃疡性结肠炎。然而，该药物在2b期试验中未能达到其主要终点，目前正在进行进一步的患者分层。
FMTs和FMPs正在被研究用于其他多种疾病，包括炎症性肠病（IBD）、移植物抗宿病（GVHD）、肠易激综合症（IBS）和代谢疾病，以及作为癌症的辅助治疗。总的来说，使用FMT或FMP改变微生物群可能对rCDI之外的疾病状态有益。
04 FMTs和FMPs的未来
过去十年，肠道微生物组是人类健康的一个因果决定因素的研究结果，导致了专注于微生物组的生物技术公司的出现，以及制药公司在研发肠道来源疗法方面的投资。尽管这一领域前景看好，但第一代微生物组的疗法（粪便微生物群产品）直到最近才被批准用于临床使用。FMT已被整合到治疗复发性艰难梭菌感染（rCDI）的临床实践指南中。此外，FMT在其他适应症中的潜在应用，如IBD、代谢综合征和实体肿瘤恶性疾病，是一个备受关注和积极研究的领域。然而， Pribyl等在2025年出版的文章（Nat Microbiol.2025）中说，值得注意的是，一些大型制药公司已经退出了开发微生物组来源药物的项目，几家专注于微生物组的公司也已被清算。这是否意味着微生物组药物发现热潮的结束，还是一个转折，在这个转折点上，从早期努力中吸取的教训将改善未来的药物开发？
25-1-26日于济南
说说粪菌移植的安全性问题https://blog.sciencenet.cn/blog-526326-1469884.html
主要参考
Nat Microbiol. 2025 Jan 8. doi: 10.1038/s41564-024-01896-3. Online ahead of print.
Fecal Microbiota Products (US Food and Drug Administration,2023); https://www.fda.gov/vaccines-blood-biologics/fecalmicrobiota-products
Am. J.Gastroenterol. 107, 1755 (2012).
Clin Microbiol Rev. 2024 Jun 13;37(2):e0006022
Nat Rev Microbiol volume 20, pages365–380 (2022)
Faecal Microbiota Transplant (FMT) (BiomeBank) (Therapeutic Goods Administration, 2022); https://www.tga.gov.au/resources/prescription-medicines-registrations/faecal-microbiotatransplant-fmt-biomebank
Finch Therapeutics Group. Finch Therapeutics announces decision to discontinue phase 3 trial of CP101 and focus on realizing the value of its intellectual property estate and other assets. GlobeNewswire https://www.globenewswire.com/news-release/2023/01/24/2594151/0/en/Finch-TherapeuticsAnnounces-Decision-to-Discontinue-Phase-3-Trial-of-CP101-and-Focus-on-Realizing-the-Value-of-Its-Intellectual-PropertyEstate-and-Other-Assets.html (2023)
转载本文请联系原作者获取授权，同时请注明本文来自汪运山科学网博客。
链接地址：https://wap.sciencenet.cn/blog-526326-1470499.html?mobile=1
收藏
