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如何让无参考转录组数据更有效

已有 2761 次阅读 2014-1-8 09:09 |个人分类:我的研究|系统分类:科研笔记| 转录组, 数据, 无参考基因组, 更有效

熊荣川

六盘水师范学院生物信息学实验室

xiongrongchuan@126.com

http://blog.sciencenet.cn/u/Bearjazz

 

无参考基因组的转录组数据通常使用从头组装的方式,因为二代测序技术很多都是断读段测序,不可避免地要产生一些“人工”基因,那么在这种情况下有什么方法或者原则可以优化结果,排除假阳性呢?

下面这些原则来自《基因九》


1、 单纯靠序列推断出来的开放阅读框最好大于100个氨基酸

2、 有效的基因应该在近缘物种中能找到同源基因




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